В июне 2006 года утром грузинские силовики провели крупномасштабную операцию по задержанию криминальных авторитетов в ряде районов региона Имерети (Западная Грузия), которую возглавил лично министр внутренних дел Грузии Гиорги Барамидзе. В ходе операции было задержано 16 криминальных авторитетов.
Кроме того, был задержан владелец 17 бензоколонок и телекомпании «Кутаиси», депутат Бондо Шаликиани. По данным МВД Грузии, в доме Шаликиани находился бежавший заключенный, «объявленный в розыск», и «по этой причине в доме Шаликиани был проведен обыск, в ходе которого информация о том, что там скрывается заключенный, не подтвердилась», однако «было изъято две единицы автоматического огнестрельного оружия, взрывчатые вещества и противотанковый снаряд». Следует отметить, что, согласно имеющимся данным, Бондо Шаликиани является родственником крупного грузинского криминального авторитета Тариэла Ониани и долгое время поддерживает с ним дружеские отношения.
Министерство государственной безопасности Грузии предъявило жителю города Марнеули Тамазу Мумладзе обвинение в приобретении, хранении и транспортировке оружия. В «деле Мумладзе» фигурируют действующие за рубежом террористические организации. По данным следствия, в прошлом году он передал водителю грузовой машины, гражданину Турции, крупную партию оружия и взрывчатки. Машина следовала из Ирана через Грузию в Турцию и была задержана турецкими спецслужбами при въезде в страну. Турецкая сторона предполагает, что оружие и взрывчатка предназначалась для организаций курдских экстремистов, действующих на территории этой страны. МГБ Грузии, проводя расследование, поддерживает контакты с турецкими властями. Во время обыска в доме Мумладзе были найдены два автомата, винтовка и боеприпасы в большом количестве.
Другой большой проблемой Грузии была коррупция в правоохранительной системе. До прихода Саакашвили, полицейские в Грузии занимались тем, что вымогали взятки, похищали и убивали людей, торговли наркотиками. Михаил Саакашвили уничтожил старое МВД и на его месте создал новое — менее коррумпированное, но не менее могущественное. Он объявил открытую войну коррупционерам в погонах.
Уже в апреле 2004 года был арестован бывший руководитель Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майор Леван Кенчадзе. Он обвинялся в злоупотреблении служебным положением — речь идет о списании и планируемом затем уничтожении специального оружия МГБ — однако в ходе следствия выяснилось, что это оружие не было уничтожено». У грузинских спецслужб была версия, что это оружие было продано в Панкисском ущелье чеченцам». В то же время, по неофициальной информации, обвинение в злоупотреблении служебным положением может быть не единственным обвинением, которое будет предъявлено бывшему руководителю Антитеррористического центра. Возможно, Кенчадзе предъявят обвинение в причастности к похищению в Грузии испанских бизнесменов, а также к делу, связанному с типографией, где печатались фальшивые документы сотрудников правоохранительных органов.
Причем, впервые о связях Кенчадзе с криминальным миром открыто заговорили испанские бизнесмены Антонио Треминьо и Франсиско Родригес, которые находились в заложниках в Панкисском ущелье. Сами испанцы в своем похищении обвиняли непосредственно Кенчадзе. Верховный суд Грузии приговорил бывшего руководителя Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майора Левана Кенчадзе к 8 годам лишения свободы.
В мае 2004 года был задержан руководитель службы вооружения Министерства госбезопасности Грузии Василу Натрошвили. Ему было предъявлено обвинение в незаконной перевозке и торговле огнестрельным оружием. Из его машины было изъято огнестрельное оружие. Затем, в декабре 2004 года сотрудники МГБ Грузии задержали начальника отделения тбилисского аэропорта департамента охраны государственной границы Грузии, капитана Георгия Шарикадзе. Поданным пресс-центра МВД Грузии, Георгий Шарикадзе подозревается в злоупотреблении служебными полномочиями.
Затем, в августе 2004 года МГБ Грузии задержало несколько высокопоставленных офицеров Минобороны Грузии. Арест офицеров был связан с фактами коррупции и предательства, имевшие место в ходе последних событий в Цхинвальском регионе. Тогда, во время боевых операций в Цхинвальском регионе сотрудники краевой полиции региона Шида Картли в партии боеприпасов обнаружили ящики с камнями и песком.