На серийных машинах учли часть замечаний летчиков в отношении плохого обзора: увеличили площадь бокового остекления сдвижной части фонаря кабины, появилось остекление в верхней задней части фонаря. Остекление новой сдвижной части изготавливалось не из бронестекла, а из плексигласа. На самолетах Hs-129B-1 позднего выпуска ввели сдвижные по полету форточки в боковом остеклении. Изменилась форма носовой части фюзеляжа, которую теперь образовывали поверхности двойной, а не одинарной как на Hs-129B, кривизны. Новый нос улучшил обзор вниз-вперед.
Первый Hs-129B-1 появился в декабре 1941 г., три самолета данной модификации изготовили в январе 1942 г., еще три - в феврале и шесть - в марте; в апреле сборочную линию завода в Шёнефельде покинуло не менее 31 штурмовика. Темп производства сдерживала неритмичная поставка комплектующих от субподрядчиков. Вплоть до октября 1942 г. средний темп выпуска не превышал 20 самолетов в месяц, пик выпуска пришелся на апрель (31-33 самолета Hs-129B- 1).
Для усиления стандартного вооружения самолетов Hs-129B были разработаны комплекты полевой модернизации (Rustsatz). Порой несколько комплектов Rustsatz устанавливались на один самолет одновременно, после чего его максимальная масса превышала допустимую.
Комплект Rustsatz R-1 представлял собой оборудование ЕТС-50, позволявшее подвешивать по две 50-кг бомбы SC-50 под каждую плоскость крыла или же по одному контейнеру АВ-24 (в каждом контейнере - по 24 2,2-кг осколочные бомбы SD).
В некоторых руководствах по HS-129B узлы подвески бомб ЕТС-50 указаны в качестве штатного оборудования самолета, что, кстати, подтверждается многочисленными фотографиями. Со временем количество комплектов Rustsatz стало очень большим, а их обозначения, равно как и обозначения оснащенных этими комплектами самолетов, - крайне запутанными.
Комплект R-2 предназначался для борьбы с танками, он представлял собой подвешиваемую под фюзеляж гондолу с 30-м пушкой МК-101 и боекомплектом к ней из 30 снарядов. Допускалась одновременная подвеска на самолет комплекта R-2 и двух 50-кг бомб или двух контейнеров АВ-24.
Комплект R-3 состоял из четырех пулеметов MG-17 калибра 7,92 мм, смонтированных на единой конструкции, которая, также как и комплект R-2, монтировалась под фюзеляжем. Боекомплект состоял из 500 патронов на ствол.
Комплект R-4 представлял собой четыре бомбодержателя ЕТС-50, монтируемых в нижней передней части фюзеляжа. К комплекту прилагался переходник для подвески одной 250-кг бомбы или сбрасываемого топливного бака емкостью 300 литров. Известны фотографии Hs-129B с внешним бакам, сделанные только в заводских условиях. Скорее всего, на фронте внешние топливные баки на Хеншелях никогда не использовались, или применялись исключительно при перегонке машин. В то же время существует довольно большое количество фронтовых снимков, на которых запечатлены Hs-129B с подвешенной 250-кг бомбой, однако чаще использовались ЕТС-50 в «чистом» виде - для подвески четырех бомб SC-50 или четырех контейнеров АВ-24.