К 1964 году Веббер отслужил в Береговой охране восемнадцать лет и подумывал об увольнении. Теперь он служил старшим офицером катера Береговой охраны
Веббер был одним из сорока семи офицеров и 198 военнослужащих рядового и сержантского состава, отправленных во Вьетнам для участия в операции «Market Time». То, что нужны военнослужащие Береговой охраны, впервые стало понятно в феврале 1965 года, когда военный пилот увидел что-то странное, пролетая над бухтой Вунг Ро рядом с Куинёном. Это был остров посреди бухты, который, казалось, двигался от одной стороны побережья к другой. Оказалось, что «остров» был отлично замаскированным кораблем, который использовался для снабжения Вьетконга. Судно было быстро потоплено авиацией США, но проблема осталась. Было ли возможно взять под полный контроль 1950 километров побережья, где морской путь был забит шестьюдесятью тысячами сампанов и джонок? Было непохоже, что Соединенные Штаты могут полностью перекрыть путь снабжения Вьетконга, но надо было сделать все, что возможно. Министр финансов согласился обеспечить миссию не только военнослужащими Береговой охраны, но и судами Береговой охраны. Как член Первой эскадры Береговой охраны Берни Веббер получил приказ поступить в распоряжение военно-морской базы десантных сил США в Коронадо, Калифорния, где его обучили, как справляться с минами-ловушками и другими методами, которые Вьетконг использовал для убийства. Оттуда он отправился в лагерь Пендлтон, где морские пехотинцы США научили Веббера и других военнослужащих Береговой охраны пользоваться 81-миллиметровыми бомбометами, пулеметами калибра 12,7 мм и ручными гранатами. Для таких военнослужащих Береговой охраны, как Берни Веббер, спасение жизней больше не было приоритетом. Их учили, как убивать, если им придется это делать, и на этом обучение не закончилось. Веббера также послали на остров Уидби, Вашингтон, где он учился, как пережить пытку водой, будучи запертым в коробке, и другие жестокие методы, которые враг использовал для пыток американских военнослужащих.
Потом он отправился на Филиппины, где прошел краткий курс по основам ведения боевых действий в джунглях. Ничего в предыдущих тренировках не подготовило его к этому. Последний раз Веббер был вынужден с трудом проходить обучение в тренировочном лагере почти два десятилетия назад. Теперь он был старше, и его тело было не таким подвижным. Но зато Веббер был намного мудрей, чем в те времена, когда был рекрутом Береговой охраны. Он пережил эти тренировки благодаря своей интуиции и хитрости. Затем его послали в береговой пункт наблюдения в Дананге, где он служил следующий год. Веббер и его ребята патрулировали свой коридор вьетнамского побережья, пристально наблюдая за джонками, плававшими в зонах ограниченного доступа, и рыбачьими лодками, стоявшими на якоре, но не бросавшими сети. Операция «Market Time» оказалась успешной. Всего после одного месяца патрулирования командующие увидели, что шансы того, что джонки проскользнут без досмотра, снизились примерно до 10 процентов. До сегодняшнего дня Берни отказывается говорить о своей службе во Вьетнаме. Нет почти никаких сомнений, что он воочию видел ужасы войны и, так как он был сыном священника, его опыт резко контрастировал с его верой. После возвращения Веббера из Вьетнама он вскоре был приписан к лоцмейстерскому судну Береговой охраны