В апреле 1992 г. заместителем начальника оперативного отдела планирования и подготовки полетных заданий для ракет оперативного управления штаба ДА п-ком Жукаркиным В.С. без санкции руководства была проведена «операция» по нелегальному вывозу из Прилук документации с полетными заданиями. Командир полка п-к В. Горголь занял конструктивную позицию и не припятствовал группе, обеспечив вылет Ан-12 с известным ему грузом (позже при странных обстоятельствах он погиб в автомобильной катастрофе).
Отсутствие необходимых материально-технических ресурсов на эксплуатацию самолетов, а также некоторые политические и экономические причины вынудили Совет национальной безопасности и обороны Украины принять в 1995 г. решение о ликвидации Ту-95МС и Ту-160. 5 декабря 1998 г. МО Украины и МО США подписали соглашение о ликвидации 44 тяжелых бомбардировщиков и 1068 крылатых ракет Х-55 воздушного базирования. 16 ноября 1998 г. Украина приступила к уничтожению стратегических бомбардировщиков на выделенные США средства
В октябре 1999 г. в Ялте была достигнута договоренность о передаче Украиной России восьми Ту-160 в счет частичного погашения задолженности за поставки природного газа. 6 ноября 1999 г. Ту-160 с бортовым номером «10», взлетев в Прилуках, приземлился на российской авиабазе в Энгельсе. К марту 2000 г. перегнали все самолеты на аэродром Энгельс. В последующем самолеты прошли ремонт на заводе в Казани. В целом украинская сторона в счет погашения своих долгов за газ (275 млн дол.) передала в 37-ю ВА ВГК (СН) 8 – Ту-160, 3 – Ту-95МС и 600 ракет Х-55. Оставшиеся самолеты и ракеты пошли на утилизацию: 11 – Ту-160, 27 – Ту-95МС, 16 – Ту-22М3, 883 – Х-55, 121 – Х-22.
В условиях сложившихся реалий и в соответствии с приказом МО РФ № 0011 от 8.11.1992 г. были определены новые организационные преобразования в ВВС.
Вместе с тем продолжался вывод войск на территорию России.
В 1992 г. управление 326-й тбад было переведено из эстонского Тарту в гарнизон Сольцы под Великим Новгородом, а 132-й полк 326-й тбад на самолетах Ту-22М3 был передислоцирован из Тарту в далекий Завитинск (Амурская область). Там полк принял под свое знамя личный состав 303-й тбап, который был расформирован. В 1997 г. 132-й полк передислоцируется из Завитинска на аэродром Воздвиженка в Приморье и там вливается в 444-й тбап. Аэродром Завитинск прекращает функционировать и закрывается.
В настоящее время о Завитинске напоминают только развалины.
В соответствии с директивой ГШ ВС РФ от 24 мая 1994 г. управление 22-й гв. тбад 01.09.1994 г. передислоцировалось из Бобруйска в Энгельс и там приняло в свой состав управление 201-й тбад. Таким образом, первая в СССР дивизия стратегических самолетов М-4 (201-я тбад) через 40 лет ушла в историю, однако при этом была сохранена боевая слава и знамена 22-й гвардейской бомбардировочной авиационной Донбасской краснознаменной дивизии дальнего действия.
Из Белоруссии, при полном взаимопонимании обеих сторон, в Россию было выведено три авиационных полка (121, 200 и 203-й гв. тбап) на сверхзвуковых ракетоносцах Ту-22К и Ту-22М3, а два других полка (402-й тбап и 290-й одрап) были расформированы в пунктах постоянной дислокации. Знамена и почетные наименования 121-го и 203-го гв. тбап передаются в Энгельс, а самолеты Ту-22К этих авиаполков отправляются на базу разделки.
121-й гв. тбап принимает в свой коллектив личный состав 1096-го тбап, который прекращает свое существование. К концу 1999 г. 121-й гв. тбап в своем составе имел одну эскадрилью самолетов Ту-160 и две эскадрильи на турбовинтовых Ту-95МС, а с сентября 2000 г. полк перешел на новые штаты – две эскадрильи стратегических самолетов Ту-160.
200-йгв. тбап был выведен из состава 22-й гв. тбад и передислоцирован с аэродрома Бобруйск на аэродром Белая. Там под его гвардейским знаменем был объединен личный состав 200-го и местного 1229-го тбап на самолетах Ту-22М2.
203-й гв. тбап в Энгельсе объединяется с 1230-м полком и перепрофилируется в 203-й гвардейский отдельный авиационный полк самолетов-заправщиков Ил-78 с сохранением своего знамени.
После распада СССР 79-я тбад и гарнизон Чаган (Семипалатинск-2) оказались в подвешенном состоянии: Россия потеряла право на дивизию, а Казахстану не было особых дел до нее, но и не было желания ее отдавать. При поддержке командующего ДА генерал-полковника авиации Калугина И.М., командующего 30-й ВА ВГК (СН) генерал-лейтенанта авиации Опарина М.М. командир 79-й тбад (Чаган) генерал-майор Ю.В. Пыльнев пытался найти решение судьбы дивизии, оставшейся одиноко в Казахстане, но безрезультатно, и понял, что дивизия вместе с 33 носителями ядерных ракет Ту-95МС может быть брошенной в казахских степях надолго.