Конструкция планера Як-11 в основном повторяла Як-3, за исключением двухместной кабины. Вооружение его состояло из синхронного пулемета УБС калибра 12,7 мм с пневмоперезарядкой и электропневматическим спуском (боезапас 100 патронов), а также двух 50-кг бомб на крыльевых держателях БД2-45, располагавшихся вне плоскости, ометаемой воздушным винтом, на расстоянии 2055 мм от оси самолета. На первых серийных машинах в кабине курсанта устанавливали прицел ПБП-1А, а в левой консоли крыла — фотопулемет ПАУ-22 (в правой консоли несущей поверхности размещалась посадочная фара). Шасси сохранилось от Як-3, но костыльное колесо сделали неубирающимся.
В 1946 году на авиазаводе в Саратове начались эксплуатационные испытания четвертой и восьмой машин первой серии, а со следующего года (планировалось с июля 1946 г.) — войсковые испытания в Качинском военном авиационном училище летчиков. Вслед за этим самолеты стали поступать и в строевые части. Первый год эксплуатации учебно-тренировочного истребителя в ВВС выявил его положительные и отрицательные стороны. По этому поводу в декабре 1947 года главком ВВС К. А. Вершинин сообщал в МАП:
К производственным дефектам относились, в частности, трещины в лонжеронах, обрыв узлов крепления элеронов, разрушение коков воздушных винтов, повреждения расходных бензобаков и другие. Пневматики хвостового колеса выдерживали в среднем 45 полетов. Вопреки заключению НИИ ВВС и мнению К. А. Вершинина, серийные машины имели недостаточный запас продольной устойчивости, оставляла желать лучшего и управляемость. Пришлось ограничивать заправку горючим до 150 кг вместо 268 кг. Устранить последний дефект можно было лишь путем замены горизонтального оперения.
Весной 1948 года летчики НИИ ВВС И. М. Дзюба и В. Г. Иванов провели государственные испытания Як-11 с новым прицелом АСП-1Н и фотопулеметом С-13, которыми комплектовались в те годы истребители. В отличие от предыдущих фотопулеметов, С-13 устанавливался на козырьке фонаря кабины летчиков.