Потребность в Як-11 была столь велика, что, начиная со следующего года, его производство освоил и ленинградский завод № 272. В процессе серийного выпуска самолетов Як-11 в его конструкцию, оборудование и вооружение постоянно вносились изменения. На них, в частности, заменили деревянную опалубку фюзеляжа и фонаря кабин летчиков металлической и изменили расположение отдельных стержней фермы крепления пулемета. В 1950 году летчик Г. Т. Береговой испытал прицел АСП-3Н, впоследствии заменивший коллиматорный ПБП-1А, на машине, выпущенной в Ленинграде и на которой вслед за этим провели контрольные испытания. В состав оборудования самолета входили также радиополукомпас РПКО-10П и истребительная радиостанция РСИ-6К, устанавливавшиеся на новых боевых машинах, переговорное устройство СПУ-3М. Эти и предыдущие доработки в полном объеме реализовали на самолетах, начиная с 24-й серии, в 1951 году. Тогда же на Як-11 установили электрический комбинированный авиагоризонт АГК-47Б со шкалой кренов вместо пикирующего авиагоризонта АГП-2 и указателя поворота УП с вакуумным насосом АК-4С (прекратили устанавливать с машины № 01209). На козырьке фонаря курсанта расположили фотопулемет С-13 вместо крыльевого ПАУ-22, а за кабиной летчиков — аэрофотоаппарат АФА-ИМ. С самолета № 58201 изменили топливную систему; теперь она позволяла полностью вырабатывать горючее. Использование бортовых аэронавигационных огней БАНО-45 и нового пилотажно-навигационного оборудования на Як-11 позволяло выполнять учебно-тренировочные полеты как днем, так и ночью. Установка стабилизатора под углом +1 градус повысила запас продольной устойчивости машины. Были и другие изменения, направленные на упрощение обслуживания самолета и повышение качества подготовки будущих летчиков.
В 1950 году летчик Болтоносов под руководством ведущего инженера Вершинина провел серийные испытания Як-11 с лебедкой для буксировки конусов, предназначенных для учебной стрельбы по воздушным целям. Испытания подтвердили летно-технические и пилотажные характеристики. В частности, самолет входил в штопор на скоростях 160–165 км/ч и выходил из него без запаздывания после дачи рулей на вывод, что немаловажно для учебной машины. Серийные самолеты завода № 292 потяжелели почти на 30 кг. В то же время контрольные испытания показали, что Як-11 ленинградского завода был легче примерно на 20 кг и полностью соответствовал техническим условиям. Правда, он имел чуть меньшие горизонтальную и вертикальную скорости, что, впрочем, находилось в пределах точности выдерживания заданных летных параметров, а также их регистрации и расшифровки. Як-11 со снятым вооружением эксплуатировался и в ДОСААФ.
Следует отметить, что совокупность прицела и фотопулемета позволяла отрабатывать элементы воздушного боя без пулеметов, что упрощало процесс обучения и повышало безопасность полетов.
В активе Як-11 числится пять мировых рекордов, зарегистрированных ФАИ в классе C-1d (полетный вес от 1750 до 3000 кг). Первый из них установил летчик Я. Д. Форостенко, показавший 28 августа 1950 года среднюю скорость 441,176 км/ч на дистанции 500 км. Год спустя он довел этот показатель до 471,348 км/ч. В 1951 и 1953 годах летчики Н. М. Голованов и П. И. Захудалин установили рекорды скорости 442,289 км/ч и 360,032 км/ч на дистанциях 1000 и 2000 км. Последнее рекордное достижение было зарегистрировано в сентябре 1954 года, когда летчик И. С. Чернов пролетел по прямой 1990,183 км.
Як-11 довелось участвовать и в «боевых» действиях. В ГДР он использовался для борьбы с агитационными аэростатами, запускавшимися с территории «дружественной» страны. По некоторым данным, во время войны в Корее Як-11 применялся в качестве ночного штурмовика, вооруженного как бомбами, так и реактивными снарядами.