Воинствующие массмедиа в Японии трубили о победах, в то время как населению оставались неизвестными зверства, совершаемые армией в Китае. Нанкинская резня — шестинедельный разгул поджогов, жестокости, изнасилований и убийств — началась в декабре 1937 года, после того как японцы захватили столицу националистов Нанкин, хотя Чан Кайши уже отступил, постепенно переводя столичные институты в Чунцин. Свидетельства и фотографии очевидцев — иностранных резидентов, выживших китайцев, журналистов — зафиксировали, как японские войска совершают свирепые акции насилия против мирных жителей. До сегодняшнего дня количество убитых и объемы разрушений остаются в японо-китайских отношениях очень болезненной темой и камнем преткновения. Иностранные наблюдатели оценивали потери в 40 000 человек, тогда как более поздние исторические книги — вплоть до 300 000. Небольшая, но заметная группа японских националистических ревизионистов истории даже полностью отрицает факт этой бойни, настаивая, что все китайцы, убитые в Нанкине, были военнослужащими.
Однако Нанкин был не единственным городом, в котором произошла подобная трагедия. По всему Китаю японским солдатам приказывали грабить, насиловать и убивать. На севере, где сельских жителей подозревали в симпатиях к коммунистам, солдаты пытали крестьян, поджигали их, кололи штыками беременных женщин, а детей заставляли ходить по полям, предположительно заминированным. Другие жестокости творились в Харбине в печально известном отряде 731, где на живых людях проводили эксперименты с биологическим оружием и химическими веществами. На опыты забирали не только пленных солдат и преступников, но и младенцев, стариков и беременных женщин. Заразив их болезнями — чумой, холерой, оспой, сифилисом или ботулизмом, ученые проводили вивисекции на живых подопытных, ампутируя конечности и удаляя органы, чтобы узнать о развитии заболевания. Здесь погибло от 10 000 до 40 000 жертв; в результате полевых испытаний умерло еще от 200 000 до 600 000 человек. Несмотря на ужасающую природу этих военных преступлений, генералу Дугласу Макартуру (1880–1964) во время послевоенной оккупации Японии удалось спасти от привлечения к ответственности руководителей отряда 731, потому что они были источником важной информации для разведки США.
В 1940 году Япония провозгласила создание Великой восточноазиатской сферы сопроцветания — территории с центром в Японии, Маньчжоу-го и Китае, однако включавшей в себя также Французский Индокитай и Голландскую Ост-Индию. Япония жаждала получить доступ к ресурсам этих колоний в Тихом океане и Юго-Восточной Азии, поскольку она все еще очень сильно зависела от импорта сырья, оборудования и особенно нефти из США, союзника Китая. В 1940 году Япония получала из Америки около 80 % топлива. В Юго-Восточной Азии имелись богатые залежи сырья, которые позволили бы Японии стать независимой от американцев, становившихся все более враждебными. В сентябре того же года Япония подписала Тройственный пакт, став союзницей стран «оси» — Германии и Италии. Японские войска начали оккупацию Северного Индокитая. США ответили на эти действия экономическими санкциями, которые могли быть прекращены только в случае полного освобождения Китая от японского присутствия. Для японцев эти условия были неприемлемы, поскольку означали отказ от с таким трудом завоеванных территорий за последние 50 лет. Тогда США ввели полное эмбарго на экспорт нефти в Японию, причем их примеру последовали некоторые другие страны. Это означало конец японской экспансии в Китае, если только Японии не удастся получить доступ к еще большим запасам ресурсов Юго-Восточной Азии. Японские лидеры начали свыкаться с неизбежностью войны с Америкой, полагая, что если Япония полностью освободит Китай, то тот немедленно попадет в руки коммунистов, что поставит под угрозу Корею, Маньчжоу-го и затем саму Японию. Более того, они воображали, что американцам не хватит сил сражаться на два фронта — европейский и тихоокеанский. Если Японии удастся одним ударом разбить американский флот на Гавайях и получить доступ к нефти и ресурсам Юго-Восточной Азии, то она сможет вести оборонительную войну и в конце концов договорится о мире.