Захватив свою первую заморскую колонию, Япония стала проводить колониальную политику по западным образцам. Тем не менее Японская империя отличалась от своих западных конкурентов в нескольких важных аспектах. Во-первых, она стала империей довольно поздно и сама оказалась жертвой полуколониального положения с несправедливыми торговыми договорами. Важнейшей заботой Японии была стратегическая безопасность государства. Зная о своей слабости по сравнению с другими империалистическими странами, Япония оправдывала принятие статуса империи как меру по сохранению государственной независимости в бурном море геополитики. Лидерам страны требовались «буферные зоны», чтобы защищать и территорию самой Японии, и новые колонии. Другие же империалистические страны, наоборот, имели в основном экономическую мотивацию, заботясь об открытии новых рынков и о новых инвестиционных возможностях в других странах. Европейские колонии часто устраивались для защиты растущих экономических интересов, как в случае Британской Индии и Голландской Ост-Индии. В отличие от них, Япония начала имперскую экспансию не из-за избытка, а из-за дефицита средств. Второе важное отличие состояло в небольшом размере Японской империи, особенно по сравнению с колониями Великобритании, Франции и Нидерландов, простирающихся по всему миру. Японская империя была сосредоточена в приграничных с Восточной Азией регионах, что позволяло максимально увеличить экономические и военные ресурсы. Наконец, последним ключевым отличием было чувство культурного родства с покоренными народами, особенно на Тайване и в Корее. Здесь сыграла роль идея того, что у них с японцами было одинаковое расовое происхождение, общие культурные и религиозные воззрения, ценности и практики. Эта уникальная для империалистических стран ситуация глубоко повлияла на отношение японцев к управлению колониями.
Жизнь в колониях часто описывают черно-белым противопоставлением сотрудничества и сопротивления, однако для многих жителей колонизированных стран это плохо отражает реальность: зачастую они шли на сотрудничество, вынужденные при этом ассимилироваться, чтобы спасти свою жизнь или получить какие-то блага, даже если им было горько из-за утраченной независимости своей страны. Любая успешная колонизация требует какой-то степени сотрудничества и поддержки со стороны колонизированных. Многие представители местных элит и богачи, то есть те, кому было что терять или кто обретал возможности продвижения себя или наживы, сотрудничали с японскими должностными лицами. Большинство из них при этом не считали, что они предают свой народ, однако восприятие сотрудничества с колониальными властями обычно становилось очень болезненным вопросом в период после обретения независимости.
Японские лидеры воспринимали обретение заморских колоний как доказательство высокого уровня цивилизованности своей страны. Как и другие поздние империи, скажем Германия или США, Япония поначалу изучала и зачастую копировала европейские колониальные приемы. Свои колонии они описывали в том же уничижительном духе — как грязные, шумные, варварские и нецивилизованные. Как и их предшественники, японцы обращались к международному праву для оправдания владычества своей страны над другими народами: у японцев была идея «цивилизационной миссии», в процессе которой они приносили блага цивилизации в темные и отсталые страны. Однако японский колониализм в нескольких важных аспектах отличался от своих западных конкурентов. В то время как европейские и американские колонизаторы проводили четкую границу между собой и теми, кем они правили, подчеркивая инаковость колонизированных народов, японская колониальная политика и пропаганда подчеркивала схожесть японцев и покоренных ими народов, по меньшей мере в дискурсе, если не в общественных представлениях или массовой культуре. Когда японцы колонизировали своих восточноазиатских соседей и острова Южных морей, они позиционировали себя как братьев по оружию с такими же расовыми и культурными корнями, которые точно так же страдали от западного империализма.
Новые научные дисциплины, например этнография и антропология, также помогали рационализировать имперскую экспансию. Японские ученые и интеллектуалы начали воспринимать свои родные острова не как изолированный архипелаг, а как часть целого, включавшего Азиатский континент и острова Тихого океана. Наследие, общее для японцев и народов на покоренных территориях, было более очевидным в случае Восточной Азии, чем Южных морей. Интеллектуалы начали предполагать, что острова Тихого океана были прародиной японского народа: в доисторические времена островитяне переплыли океан и стали первыми коренными жителями Японских островов. Тем самым объявлялось, что у японцев есть общие корни и с покоренными народами Нанъё, которым нужна была их помощь, чтобы развиваться и становиться цивилизованными. Это служило оправданием имперской экспансии.
Тайвань