Японская военная оккупация приносила бесконечную резню и страдания. Филиппины лишились 125 000 человек, как гражданских, так и военных. В Индокитае сотни тысяч человек умерли от голода во время японского правления. По оценкам ООН, под японской оккупацией в Индонезии погибло 4 миллиона человек — они были убиты японцами или умерли от голода, болезней и недостатка медицинской помощи в оккупации. Количество погибших китайских солдат и гражданских лиц оценивается в почти непостижимые 9–12 миллионов. Такой оказалась жестокая реальность японского идеала паназиатского братства. Военная жестокость по отношению к мирным жителям и по сей день остается основной причиной напряжения в отношениях между Японией и ее азиатскими соседями, особенно Кореей и Китаем.
Японский колониализм
На протяжении периода Мэйдзи японские власти расширяли контроль над айнами — коренным населением острова Хоккайдо — и рюкюскими обитателями Окинавы, что являлось формой колонизации собственной территории. В 1869 году открылся Отдел по колонизации Хоккайдо, чтобы стимулировать переезд японцев на северный остров ради попытки ассимиляции местного айнского населения. Отдел поощрял переселения на северную окраину семейств бывших самураев, предоставляя им займы на покупку земли и выделяя переселенцам дома, утварь, сельскохозяйственные орудия и трехлетний запас еды, поскольку это помогло бы доказать окружающему миру, что Хоккайдо — неотъемлемая часть Японии. В результате туда переселилось около 8000 бывших самураев. В 1890-х годах Отдел расширил свою аудиторию до всего населения, предлагая освобожденные от арендной платы фермы сроком на 10 лет. Количество переселенцев заметно росло.
Японцы пытались ассимилировать коренное население айнов, запрещая им надевать серьги и делать татуировки и заставляя вместо этого носить японскую одежду и прически. Также айнов заставляли брать себе японские имена, говорить по-японски и молиться в синтоистских святилищах. Государство старалось искоренить их образ жизни, основанный на охоте и собирательстве, обучая айнов земледелию и выделяя небольшие участки земли, однако японские переселенцы зачастую обманом выгоняли айнов из их владений. Многие в результате оказались в рыболовецких артелях или в городских трущобах. К концу периода Мэйдзи Хоккайдо оказался без сомнения японским. В 1908 году айны составляли всего 1,25 % населения острова из полутора миллионов человек. Хотя официальная политика государства была направлена на ассимиляцию, обычные японцы продолжали относиться к айнам как к экзотической диковинке, а айнские деревни часто становились своего рода экспонатами официальных антропологических выставок, которые были призваны продемонстрировать отличия традиций цивилизованных японцев от варварских обычаев других народов.
Острова Рюкю на юге были независимым королевством и государством, зависимым от Китая. В период Токугава эти острова контролировало княжество Сацума, которому была выгодна рюкюская торговля с Китаем и Юго-Восточной Азией. Рюкюский суверенитет поддерживали номинально, чтобы избежать конфликтов с Китаем, однако в 1871 году, когда отменили княжества даймё, правительство Мэйдзи предъявило права на эти острова. В 1879 году последнего короля заставили отречься, а острова Рюкю формально вошли в состав Японии в качестве префектуры Окинава. Как и в случае с айнами и другими позднее присоединенными колониями, коренной язык, культура и религия оказались под запретом, так как жителей Окинавы принудили к ассимиляции, но японцы все равно никогда не относились к ним как к равным.