Силы, черпавшие резервы из экспортной торговли, очень быстро стали влиятельнейшей оппозицией бакуфу. Понимая, что для смещения старой власти и сохранения страны от внешней экспансии необходимы новые вооруженные силы, многие князья значительную часть своих доходов тратили на создание значительных воинских формирований. При этом они не следовали традиции о необходимом соответствии звания самурая и права ношения оружия. Наоборот, практически все они создавали свои армии по принципу «нохэй», о котором есть смысл рассказать подробнее.
В древние времена, когда общество еще не разделилось на сословия, японские крестьяне были такими же вооруженными людьми, как и дворяне, причем достигли значительного уровня боевого мастерства, отстаивая свои земли. В середине XIX века некоторые государственные политики снова возродили идею о формировании вооруженных сил страны путем вооружения крестьян. Именно такая армия и получила название «нохэй», однако в новое время в нее вложили иной смысл: речь шла о народном ополчении, то есть о поголовном вооружении всех, кто способен носить оружие и может быстро научиться им владеть. Идею государственных идеологов быстро воплотили в практику самураи, оппозиционные режиму.
В состав новых «частных армий» вошли представители многих социальных слоев. Основу командного звена составили «госи» — особая группа самурайского сословия, именовавшаяся еще «сельскими самураями». Они были своего рода связующим звеном между самураями и земледельцами, поскольку сами были самостоятельными землевладельцами, мелкими помещиками. Имели право носить оружие и иметь фамилию. Во многих кланах с целью поощрения разработки целины князья присваивали титул «госи» всем лицам, изъявившим желание осваивать новые земли на основе специального соглашения (узкой). Таким путем в госи попадали многие зажиточные крестьяне и даже купцы. Происходил процесс проникновения в самурайское сословие через черный ход. Наиболее значительным количественным составом госи славился все тот же клан Сацума. Они были разбросаны по всей территории клана, вплоть до самых отдаленных горных районов. Славились своей стойкостью, непримиримостью, непоколебимым консерватизмом.
Основной контингент рядового состава — крестьяне, ронины, городская беднота, даже буддийские монахи, которые видели в военной службе даймё едва ли не единственную возможность «обрести лицо». Наиболее известными стали армии нохэй некоторых княжеств Южной и Западной Японии.
В клане Асикага в 1865 году была сформирована на деньги даймё и местного купечества антитокугавская крестьянская милиция, которая также ставила своей задачей оборону от возможного вторжения иностранцев. У истоков ее создания стоял художник Тадзаки Саун, впоследствии ставший ее командующим. В его биографии, изданной уже после смерти, отмечалось: «В то время люди клана Асикага, связанные с Тадзаки, были воодушевлены его идеями и глубоко преданы делу императорской семьи. По его призыву они на свои средства закупили оружие, приготовили военное образование и собрали средства на военное обучение. Сначала отряд насчитывал около ста человек, затем вырос до двухсот. Клан поручил ему создать систему нохэй, позже он стал командиром этой армии, названной «Сэйсинтай», то есть отряд Чистосердечных.
Другим выдающимся военным реформатором был Омура Масудзиро, которого иногда называют японским Мольтке. Его отличала неимоверная тяга к знаниям, прежде всего — в военном деле. В 1864 году он перевел на японский язык голландскую книгу по военной стратегии, которая, в свою очередь, была переводом с немецкого учебником стратегии, написанным в духе Клаузевица. Руководил военными формированиями Кихэйтай, при этом руководствуясь практически исключительно европейской военной теорией. Именно он выступал за реконструкцию всей государственной системы как необходимого и важнейшего условия реформирования вооруженных сил. Впоследствии он был назначен заместителем военного министра и был убит наемным убийцей в 1869 году. Его учениками считали себя наиболее известные японские военные деятели конца девятнадцатого — начала двадцатого века: Ямагата Аритомо, Ямала Кэнги, Кидо Койн, которые завершили задуманное учителем.