Большинство влиятельных даймё восприняли это не только как национальное оскорбление, но и как полную несостоятельность правительства бакуфу. Оппозиция токугавскому режиму сосредоточилась в нескольких южных княжествах. Наиболее сильно она проявилась в уже упоминавшемся княжестве Сацума, а кроме него — в Тёгу и Тоса. В этих княжествах происходили быстрые процессы вестернизации. В них постепенно формировались кадры новой политической формации — главным образом из княжеских самураев, которые волею обстоятельств принимали активное участие в политической деятельности своих даймё и постигали на практике то, чему не были научены ранее. Кроме того, именно эти люди приобретали ценнейшие аналитические навыки относительно происходящего в стране, когда политическая деятельность тех или иных персоналий четко отделялась от их статуса и от восприятия этого статуса множеством подданных. Эти люди могли себе позволить судить о правильных или неправильных действиях не только даймё, чей вес в обществе стремительно падал, но и самого божественного Микадо. Именно из них (так называемой «группы действия» — дзицурёку-ха) выковался новый тип политических деятелей, впоследствии превратившийся в высшую бюрократию абсолютистской монархии. Как отмечает японский историк Тояма Сигэки, «процесс роста и превращения низшего самурайства в сторонников реформ, пролагающих дорогу абсолютизму, был главным моментом в политической истории периода завершения токугавского правления».
Идеологическим столпом движения против сёгуната и идейной основой реформ было течение «за почитание императора и изгнание иностранцев» — сённо-дзэн. Движения подобного свойства возникли сразу в нескольких княжествах, но со временем объединились. Они проповедовали ценности феодализма, и в основе имели догмы о неизбежном процветании «божественной земли», если вся нация объединится в почитании императора и изгонит иноземцев из своей страны. Сторонники этой идеологии сначала анонимно, а затем открыто начали требовать реформ, которые сделали бы эту идеологию государственной. Себя при этом они видели главными ее носителями, своего рода новыми Мессиями японского народа. Особенное развитие идеология получила после того, как ее главным символом стал Токугава Нариакира, глава княжества Мито. Хотя он и был представителем основной династической ветви Токугава, но взгляды его радикально расходились с сёгуном и кугэ. Учение о долге по отношению к императору стало по сути базовой психологией молодого самурайства. Это возбуждало воинственный дух и, в конечном счете, ограничение всех реформ рамками феодальной системы. Сложившиеся группировки при дворе императора начали соперничать за лидерство, стремясь перетянуть на свою сторону наиболее перспективные политические силы при дворе. Бакуфу, занятое проблемами с иностранцами, которые никак не заканчивались, реально препятствовать этим процессам уже не могло. Начиная с 1860 года идеология «сённо-дзэн» стала господствующей среди японской интеллектуальной элиты.
Однако, интенсивно втянувшись во внутриполитические проблемы, власти в прямом смысле слова проспали бурное развитие внешней торговли. За три года (1860-63) экономическая система феодализма окончательно рухнула. Экспорт превысил импорт, английские купцы заключали долгосрочные контракты на поставку шелка-сырца, лучшего в мире зеленого чая, лаковой мебели, стремительно входившей в моду, — тихой сапой разрушая всю систему натурального хозяйства, стремительно капитализируя уже сложившуюся мелкотравчатую мануфактурную промышленность. В стране начали появляться «новые японцы», быстро сколотившие немалые состояния. Когда бакуфу попыталось ввести прямой контроль над экспортом шелка, эта попытка с треском провалилась: во-первых, против нее резко протестовали иностранцы, главным образом англичане, вложившие в развитие отрасли немалые деньги, во-вторых, против нее не менее решительно выступили и собственные «новые японцы» — вчерашние торговцы, крестьяне, даже самураи и ронины. Общественное мнение страны все более склонялось к поддержке славных воинов, способных разрушить отжившую государственную систему. В том, что это должны быть именно воины, никто не сомневался: ни о каком гражданском обществе речи не шло, никакого опыта публичной политики обыватели не имели. Единственной формой политического протеста, известного обществу, был террор. Эта привычка Японии еще не раз икнется…