После революционных беспорядков 1905–1917 гг. доброжелатели неоднократно советовали великой княгине Елизавете Федоровне покинуть Россию. По поручению кайзера Вильгельма к ней приехал шведский министр и предложил ей помощь в выезде за границу. Елизавета Федоровна отказалась уехать и сказала, что она твердо решила разделить судьбу страны, которая стала ее второй Родиной. После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд великой княгини Елизаветы Федоровны за границу. Посол Германии граф Мирбах дважды пытался встретиться с ней, чтобы уговорить покинуть Россию, но она отказывалась от встречи, подтверждала свою решимость остаться в России и разделить ее судьбу. В 1918 г. был послан английский крейсер к берегам Крыма, чтобы спасти сестер императора Николая II великих княгинь Ксению и Ольгу, их мать, вдовствующую императрицу Марию Федоровну, и великую княгиню Елизавету Федоровну. Елизавета Федоровна отказалась покидать Россию. В разное время разные люди предлагали ей помощь в бегстве из России, но она неизменно повторяла, что решила разделить судьбу России.
В 1918 г. Елизавету Федоровну арестовали и вывезли из Москвы. Елизавету Федоровну направили по железной дороге в Пермь. Последние месяцы своей жизни великая княгиня провела в заключении, в школе, на окраине города Алапаевска, вместе с великим князем Сергеем Михайловичем и его секретарем – Федором Михайловичем Ремезом, а также четырьмя другими царскими родственниками. Ночью 5 (18) июля 1918 г. великую княгиню Елизавету Федоровну вместе с другими членами императорского дома и крестовой сестрой Варварой Яковлевой бросили в шахту старого рудника под Алапаевском. Затем чекисты стали бросать в шахту балки, а затем – ручные гранаты. Великая княгиня упала не на дно шахты, а на выступ, который находился на глубине 15 метров. Вся переломанная, с сильнейшими ушибами, она стремилась помогать другим мученикам. Останки настоятельницы Марфо-Мариинской обители и ее келейницы Варвары Яковлевой в 1921 г. были перевезены в Русскую духовную миссию в Пекине, а затем через Египет были доставлены в Иерусалим. Они были положены в усыпальнице храма Святой равноапостольной Марии Магдалины в Гефсимании, где она сама выразила желание еще в 1888 г. быть похороненной.