Между тем в эти годы в стране была развернута очередная антирелигиозная кампания. Основные задачи по борьбе с религией были определены на 2-м Съезде воинствующих безбожников в июле 1929 года. Согласно их планам, к 1937 году имя Бога должно было быть забыто на всей территории Советского Союза. Повсеместно уничтожались и разграблялись храмы или, в лучшем случае, использовались под склады и гаражи. Вслед за этим начались массовые аресты священнослужителей и верующих, которые затронули и сотрудников Центральных государственных реставрационных мастерских. Автор статьи «Наследники Грабаря», художник и искусствовед Алексей Петрович Владимиров писал: «К сожалению, как раз в пору расцвета ЦГРМ – в 1930-е годы – политическая ситуация резко изменилась не только в области охраны памятников, но и по отношению к реставрационным мастерским: работу ЦГРМ признали “слишком узкой, аполитичной и не имеющей общественного уклона”. Реставраторы стали не нужны власти, борющейся с Церковью, их письма и ходатайства в защиту памятников национальной культуры раздражали. Последовали “оргвыводы”. <…> Великие деятели охраны памятников Ю. А. Олсуфьев и А. И. Анисимов пали жертвами сталинских репрессий»[99]
. Игорь Эммануилович, который всю жизнь боролся за сохранение памятников, тяжело переживал уничтожение и разграбление храмов и гибель соратников по искусству. В самом начале сталинских чисток он принял решение уйти с поста директора Реставрационных мастерских. Видимо, Грабарь отчетливо сознавал, что антирелигиозная пропаганда – это долгосрочный проект, и не хотел исполнять указания партийных функционеров, которые в 1932 году торжественно провозгласили проведение в стране «безбожной пятилетки». 19 декабря 1929 года Грабарь писал хранителю художественного отдела Русского музея Петру Ивановичу Нерадовскому: «В ближайшее время надеюсь получить пенсию и уйти со службы, отдавшись только живописи и, может быть, перебравшись на постоянное жительство в деревню под Москвой»[100]. В мае 1930 года Грабарь осуществил свое намерение, а через четыре года Центральные государственные реставрационные мастерские были закрыты. Вспомнили о них только в годы Великой Отечественной войны, когда возникла серьезная проблема реставрации произведений искусства из музейных собраний. Многие из них были существенно повреждены или находились в очень плохой сохранности, так как оставались в зоне оккупации. Об этом основательно задумались уже в июле 1942 года. Когда встал вопрос о воссоздании Реставрационных мастерских, обратились к их создателю, и Игорь Эммануилович беспрекословно принял назначение на должность председателя Комиссии по учету и охране памятников искусства. Художнику уже исполнился 71 год, но он по-прежнему оставался энергичным и бодрым и, понимая всю важность порученного ему дела, был невероятно заинтересован в его благополучном завершении. В 1944 году новая Государственная центральная реставрационная мастерская, научное руководство над которой осуществлял Игорь Эммануилович Грабарь, заработала вновь с удвоенной силой.После возникновения в 1932 году Союза советских художников Грабарь был экспонентом всех московских весенних и осенних показов этого нового творческого объединения, а также республиканских, всесоюзных и передвижных выставок. Перед войной в Москве и Ленинграде с большим успехом прошли персональные выставки художника. В эти годы он также плодотворно работал над многочисленными статьями по русскому искусству, выходившими не только в России, но и за рубежом. В 1937 году Игорь Эммануилович стал директором и профессором Московского государственного художественного института имени Василия Ивановича Сурикова. Ему удалось привлечь к преподаванию лучших мастеров живописи, скульптуры и графики, в результате чего в институте к 1939 году сложился сильный педагогический коллектив. Так, станковыми мастерскими руководили известные живописцы Сергей Васильевич Герасимов, Борис Владимирович Иогансон, Георгий Георгиевич Ряжский и сам Грабарь. По инициативе Игоря Эммануиловича был организован специальный курс теории и практики научной реставрации памятников искусства и старины, которого до этого не было ни в одном учебном заведении не только у нас в стране, но и в Европе. Заслугой Грабаря стала и организация в институте монументальной мастерской под руководством известного живописца и графика Александра Александровича Дейнеки.