Я никого не приговорила ни к смерти, ни к тюремному заключению, а именно эти наказания составляют опору и движущую силу системы террора – я краснею за вас и чувствую стыд, когда вы ложно утверждаете, что представители нашего вероисповедания совершили массу злодеяний. Сначала очистите землю от крови множества праведных людей, пролитой вами и вашими… Поскольку я ни на дюйм не отступила от веры Святой Католической Церкви Господа и не покинула ее паству, я прошу поберечь ваши слезы для оплакивания собственных ошибок… Мечтаю, чтобы ваше бесполезное письмо было бы последним в своем роде.
28 сентября 1563 года папа Пий IV вызвал Жанну явиться в суд инквизиции в Риме по обвинению в ереси. В случае отказа ее отлучат от церкви, а принадлежащие ей земли объявят свободными для любого, кто сможет их взять. Жанне дали шесть месяцев на исполнение требования.
Из этого затруднительного положения ее опять выручила Екатерина Медичи; хотя и мотивы Екатерины не были чисто сестринскими. Вмешательство папства в дела французских монархов давно являлось яблоком раздора. В декабре Екатерина направила в Рим специального посланника с протестом по поводу действий папы «против старинных прав и привилегий Церкви Франции».
Филипп Испанский тем временем замыслил похитить Жанну и доставить ее в суд инквизиции в Испании. Однако его план был раскрыт, когда одна из вышивальщиц, нанятых дочерью Екатерины Медичи Изабеллой (женой Филиппа), сообщила, о чем говорил подвыпивший шпион испанского короля. Бывшая французская принцесса передала информацию послу своей матери – пример либо победы родного над супружеским, либо женской солидарности.
«Я полностью вверяю себя вашей действенной защите, – благодарно писала Жанна д’Альбре Екатерине Медичи. – Я найду вас, где бы вы ни были, и буду целовать ваши ноги с большей охотой, чем кланяться папе римскому». Защита, однако, имела свою цену. Жанну призвали ко французскому двору, и Екатерина написала, что она должна смягчить свою религиозную политику «таким образом, чтобы ее подданных не сподвигали к восстанию, а ее соседей к поддержке их восстания». Жанне советовалось позволить своим подданным «всем жить в свободе совести и отправлять свои богослужения, никого не принуждая». Эдикт Жанны от февраля 1564 года разрешил и католические, и протестантские богослужения, а также амнистировал все религиозные преступления, которые не попадали под определение
Жанна д’Альбре не торопилась подчиниться вызову Екатерины Медичи ко двору; в конце концов, ей требовалось организовать управление владениями на время ее отсутствия. Однако весной 1564 года сама Екатерина собралась, взяв с собой двор и сына, в поездку по Франции, которая продлится более двух лет; 10 000 человек в путешествии в течение 27 месяцев были экипированы всем от портативных триумфальных арок до передвижного зоопарка. В начале июня Жанна наконец присоединилась к королевской поездке в Маконе, ее тоже сопровождали 300 всадников и восемь кальвинистских священников. С самого начала ее бескомпромиссность не подлежала сомнению.
На следующий день после прибытия Жанны, когда под ее окнами проходила процессия по случаю католического праздника Тела Господня, члены ее свиты отпускали непристойные высказывания. Несколько дней спустя в Лионе она посещала гугенотские проповеди, взяв с собой сына, пока раздраженная Екатерина не прекратила кальвинистские службы и не забрала сына Жанны Генриха обратно в свои руки, поклявшись, что отрубит голову каждому, кто не посещает мессу. Однако поездка королевского двора в некоторой степени произвела объединяющий эффект, на который надеялась Екатерина, и в Лионе было проведено совместное шествие детей католиков и протестантов, чтобы отметить наступившее религиозное согласие.
В течение долгой поездки Жанна д’Альбре много раз просила позволить ей вернуться в свои земли и взять с собой сына. Ее просьбу отклоняли, Генрих продолжит следовать с королевским двором. Жанне в качестве компромисса дали указание ехать в Вандом; тоже ее владение, но ближе и в феодальной зависимости от французской короны.