10 февраля в 2 часа утра Эдинбург содрогнулся от звука взрыва. Мария из Холируда сразу послала выяснить, что случилось, и вскоре узнала, что от Кирк-о-Фильда остались одни развалины. Однако при дневном свете тело Дарнли обнаружилось не в доме, а в саду, откуда он, по всей видимости, пытался бежать. Его задушили.
Убийству лорда Дарнли посвящены целые тома, но у нас нет возможности анализировать доказательства. Важны два обстоятельства: все стороны немедленно заподозрили Ботвелла в том, что он убрал с дороги соперника, а Марию многие обвиняли в соучастии. Возможно и третье: большинство современных историков сходятся во мнении, что она не знала, по крайней мере, точного плана действий, хотя одним из умений монархов Средневековья и начала Нового времени была способность выражать желание, чтобы было ликвидировано какое-то препятствие, и при этом оставаться в неведении, как это произойдет.
В Крейгмилларе Мейтленд предлагал развод или признание брака недействительным, но Марию беспокоило, что это может отразиться на законнорожденности ее сына. Когда Мейтленд, по всей видимости, сказал, что придется найти другой способ, она закричала, что ничего не должно быть сделано против ее репутации или чести. Факт, что впоследствии она не предотвратила задуманные ее лордами действия, о которых королева явно догадалась, если не преступная халатность, то, во всяком случае, глупый поступок. Однако из-за этой глупости большинство в итоге будет считать Марию Стюарт виновной.
Конечно, Мария в этот момент действительно действовала глупо. Сама ее неподготовленность к разрешению кризисной ситуации, возможно, свидетельствует о том, что королева не ожидала именно такого поворота событий. Вместо того чтобы соблюдать строгий траур как жена, а как королева дистанцироваться от подозреваемых в совершении этого преступления, Мария Стюарт проявляла непоследовательность. Она приказала задрапировать черной тканью свою комнату в Эдинбургском замке, но по дороге туда сделала остановку, чтобы присутствовать на еще одной свадьбе. Она несколько раз выезжала на непродолжительный отдых в близлежащий Сетон. Люди видели, как она развлекалась стрельбой из лука в компании вездесущего Ботвелла. Ее настроение было переменчиво, хотя она расстраивалась и раздражалась из-за картинок, обвиняющих Ботвелла в смерти Дарнли. На одной из картинок изобразили и саму Марию в виде русалки, известного символа распутства.
Елизавета с чрезвычайной горячностью писала ей из Англии:
Мои уши так шокированы, мой дух так взволнован, а сердце так потрясено ужасающим сообщением о гнусном убийстве вашего покойного супруга и моего кузена, что я до сих пор едва могу собраться с силами, чтобы писать об этом… Не буду скрывать от вас, что люди по большей части говорят, будто вы посмотрите сквозь пальцы на это деяние вместо того, чтобы отомстить за него… Я заклинаю вас, я советую вам, и я умоляю вас принять это дело так близко к сердцу, чтобы вы не боялись затронуть даже самого близкого к вам человека, если он имел отношение к убийству…
Елизавета явно опасалась, что действия Марии скомпрометируют сестринские отношения королев. Если Мария не сможет проявить такую прямоту «и благоразумие», чтобы весь мир назвал ее невиновной, писала Елизавета в другом письме, тогда она будет «заслуживать исключения из рядов принцесс, и чтобы этого не случилось, я пожелала бы вам лучше почетных похорон, чем постыдной жизни».
12 апреля Ботвелла официально оправдали в причастности к убийству на показательном судебном процессе. Вердикт не вызывал сомнений и поскольку Эдинбург до такой степени был набит его людьми, что Леннокс, отец Дарнли, не осмелился появиться на слушаниях, и потому, что Мария отстранилась от разбора дела. Неделей позже Ботвелл пошел еще дальше, собрав лордов на ужин в таверне Эйнсли. Там он потребовал, чтобы они все подписали документ, призывавший королеву вступить в брак и выйти замуж за шотландца. А кто же лучше подходил на эту роль, чем сам Ботвелл?
Следующий шаг Марии можно назвать поступком и королевы, и матери. Она отправилась в Стерлинг, где воспитывался ее сын, в попытке забрать ребенка. Когда официальный опекун принца Якова отказался отдать младенца, Мария была вынуждена снова выступить в направлении Эдинбурга. 24 апреля она выехала из места своего рождения, Линлитгоу, чтобы возвратиться в столицу. Испанский посол Гузман де Сильва (в письме домой от 3 мая) описал, что произошло дальше: