В брачном контракте, подписанном 11 апреля, не упоминался религиозный вопрос, а устанавливалось лишь наследование различных земель. Это решение основывалось на убеждении французов, что Генрих, если не сама Жанна, вскоре вернется к Римской церкви. Епископ Маконский посчитал это победой Екатерины:
Королева-мать выбрала наилучший способ… она попрала заносчивость королевы Наваррской, преодолела ее неуравновешенность и заставила принять условия… скоро мы увидим возвращение принца [Генриха] в лоно Святой церкви.
Обессиленная Жанна поехала отдохнуть в Вандом, но вскоре необходимость готовиться к грядущему бракосочетанию заставила ее вернуться в Париж. Анна д’Эсте писала своей матери Рене Феррарской: «Королева Наварры здесь, не слишком здорова, но полна мужества. Она надевает больше жемчуга, чем когда-либо». Сама Жанна в конце мая написала отсутствовавшей Екатерине: «Я видела фонтаны в вашем Тюильри, когда де Рец приглашал меня на неофициальный ужин. Заметила много разного для нашей свадьбы в этом городе во время прогулок с ним. Я в добром здравии ожидаю вашего приезда». Последнее замечание было неправдой.
Жанна д’Альбре с детства имела слабое здоровье, и теперь оно ухудшалось; проблемы с легкими, от которых она страдала, несомненно, являлись симптомом туберкулеза. 4 июня, возвращаясь из поездки по магазинам, она почувствовала слабость и жар. Жанна легла в постель, а через два дня переписала свое завещание. Екатерина Медичи, Марго и даже герцог Анжуйский приходили навестить ее, но она, казалось, покорилась судьбе; в конце концов, она считала свою жизнь
Протестантские хронисты дают пространные идеализирующие описания ее предсмертных героических дней: «Когда боль усилилась, она не утеряла мужества, показывая поразительную непоколебимость в своем последнем сражении и спокойно готовясь к кончине». Как Екатерина Арагонская, пусть и на другой стороне религиозного раскола, она наставляла дочь «быть стойкой и верной на службе Господу, несмотря на свои юные годы», и Екатерина де Бурбон (как до нее Мария Тюдор) следовала этому завету самым преданным образом.
Свои последние дни Жанна провела, слушая толкования Священного Писания, читая псалом 31 и Евангелие от Иоанна. Окружавшие ее кальвинистские священнослужители с восторгом и облегчением отметили, что она перестала интересоваться суетными приготовлениями к свадьбе, которые полностью занимали ее раньше. «О, мой Спаситель, скорее освободи мою душу от невзгод земной жизни… – молилась Жанна, – и от тюрьмы этого страдающего тела, чтобы я не могла больше обижать Тебя и с радостью перешла к обещанному Тобой вечному покою, которого страстно жаждет моя душа… Наставь моего сына, что последнее желание моего сердца состоит в том, чтобы он оставался преданным вере, в которой его воспитали».
9 июня 1572 года Жанна скончалась. Разговоры, что Екатерина Медичи отравила ее при помощи пары надушенных перчаток, впервые пошли в 1574 году в ходе злобной атаки на Екатерину, но были реакцией скорее на события, которые произойдут после смерти Жанны. Об этих слухах не упоминает ни один реальный современник, тогда не говорилось даже о том, что состояние здоровья Жанны не давало оснований для естественной смерти. Однако совершенно верно, что кончина Жанны, как писал венецианский посол Кавалли, «вызвана крупнейшим возможным препятствием в деле гугенотов».
Папский посол благодарил Бога за смерть «столь важного врага Его Святой церкви», а испанский посланник получил из дома известия, что «весь Мадрид ликует, что дьявол наконец забрал ее!». Однако, наверное, Жанне д’Альбре повезло, что она не застала событий следующих трех месяцев.
Екатерина Медичи прилагала активные усилия к тому, чтобы вывести своего сына Карла IX из-под влияния адмирала де Колиньи, который, как она опасалась, может вовлечь страну в вооруженное противостояние с Испанией. Королева-мать заявила, что уедет с герцогом Анжуйским в свои отдаленные имения или даже, как говорили, обратно во Флоренцию. Карл отступил (по воспоминаниям одного наблюдателя, он больше боялся матери и брата, чем гугенотов). Устраивая сцены «с оскорблениями и мягкими упреками вперемешку», он умолял свою мать не оставлять общественной жизни. На экстренном заседании Королевского совета 10 августа все единогласно проголосовали за мир. Однако, когда адмирал Колиньи предупредил, что Екатерина может пожалеть о содеянном, его слова, должно быть, звучали как угроза.