Эту линию можно увидеть и в его выступлении на открытии Государственной думы: «Но ранее этого, правительство должно было остановиться на своих отношениях к Православной Церкви и твердо установить, что многовековая связь русского государства с христианской церковью обязывает его положить в основу всех законов о свободе совести начала государства христианского, в котором Православная Церковь, как господствующая, пользуется данью особого уважения и особою со стороны государства охраною. Оберегая права и преимущества Православной Церкви, власть тем самым призвана оберегать полную свободу ее внутреннего управления и устройства и идти навстречу всем ее начинаниям, находящимся в соответствии с общими законами государства. Государство же и в пределах новых положений не может отойти от заветов истории, напоминающей нам, что во все времена и во всех делах своих русский народ одушевляется именем Православия, с которым неразрывно связаны слава и могущество родной земли. Вместе с тем права и преимущества Православной Церкви не могут и не должны нарушать прав других исповеданий и вероучений. Поэтому, с целью проведения в жизнь Высочайше дарованных узаконений об укреплении начал веротерпимости и свободы совести, министерство вносит в Государственную думу и Совет ряд законопроектов, определяющих переход из одного вероисповедания в другое; беспрепятственное богомоление, сооружение молитвенных зданий, образование религиозных общин, отмену связанных исключительно с исповеданием ограничений и т. п.»
В этом фрагменте видно, что перед Столыпиным стояла крайне сложная задача, с одной стороны, снять всяческие ограничения с различных конфессий, а с другой, сохранить ведущее положение Русской православной церкви. Как уже отмечалось ранее, Петр Аркадьевич в свои планах модернизации России не считал правильным разрушать вековые культурные устои российской культуры, которая тесным образом была связана именно с православием. Таким образом, необходимо было создать условия, где все конфессии были бы равны, но православие было бы ровнее. Правда, ведущее положение православия должно закрепляться не на уровне закона, а скорее на уровне традиции и той роли которую церковь должна играть в обществе.