При этом Столыпин выступал против карательных мер, по его мнению, главным инструментом воздействия должно быть нравственное воздействие, а не законодательные запреты. Поддерживая принципы свободы совести, П. А. Столыпин подчеркивал, что он должен согласовываться и не противоречить народному духу и традициям, которые существуют в обществе. То есть опасно исходить исключительно из абстрактных теорий, необходимо соотносить идеи с жизненными обстоятельствами. Поэтому все реформы должны исходить из того, что нельзя наносить урон основам государства и народной душе, которая объединяет миллионы русских людей. Закончил свою речь П. А. Столыпин весьма эмоциональным высказыванием: «Господа, наша задача состоит не в том, чтобы приспособить православие к отвлеченной теории свободы совести, а в том, чтобы зажечь светоч вероисповедной свободы совести в пределах нашего русского православного государства. Не отягощайте же, господа, наш законопроект чуждым, непонятным народу привеском. Помните, что вероисповедный закон будет действовать в русском государстве и что утверждать его будет русский царь, который для с лишком ста миллионов людей был, есть и будет Царь Православный». Таким образом, в этой речи проявляется тот принцип, которым Столыпин руководствовался, проводя свою политику, — это модернизация страны при сохранении ее уникальности. Петр Аркадьевич искал и находил компромиссы как с политическими силами в Думе, так и между теорией и практикой.
Выступление премьер-министра не могло не спровоцировать жаркую дискуссию среди депутатов. Пожалуй, именно компромиссный характер позиции Столыпина и не устраивал как правых, так и левых депутатов. Вместо того, чтобы разрубить гордиев узел конфессиональных противоречий, премьер-министр стремился сохранить неопределённость, поскольку она помогала решать многие проблемы. Но такая позиция правительства не устраивала многих депутатов. Ситуация в Думе показала, что поиск компромисса со стороны П. А. Столыпина привел к дальнейшей поляризации депутатов. Вопрос вероисповедания оказался настолько чувствительным и принципиальным, что и левые, и правые старались отстоять исключительно свою позицию.