Однако власть Венеции утвердилась на Крите не без труда. Глубоко привязанное к традициям греческое население острова, для которого партизанская война была тысячелетней привычкой, предприняло серию мощных восстаний против своих иностранных господ. Восстание 1212 г. был с трудом подавлено венецианским «герцогом» Джакопо Тьеполо (1213). Поднятое в 1229 г. восстание было не менее серьезным. Чтобы надежнее удержать остров и усмирить население, Венеция организовала на Крите военные колонии. Бывшие императорские земли или владения, недавно конфискованные у мятежников, она преобразовала в привилегированные поместья, которые раздавала своим гражданам, иммигрировавшим на Крит, как патрициям, так и плебеям, при условии что и те и другие будут нести военную службу по защите ее власти. Патрицианские семьи получали из этого фонда рыцарские фьефы, семьи простолюдинов — фьефы пехотинцев.
На Крите, как и на других греческих землях, покоренных латинянами, угроза стала особенно острой, когда Михаил Палеолог, отвоевав Константинополь и реставрировав Византийскую империю (1261), смог своим авторитетом и силой оружия всюду поддерживать выступления против власти франков. Крит как раз и стал одной из первых провинций, которую он попытался от них освободить. Венеция, однако, держалась стойко и по договору 1265 г. заставила василевса признать свои права на владение островом. С другой стороны, у Синьории возникли сложности с собственными колонистами, как, например, в 1269 г., когда акт частной мести спровоцировал мятеж некоторого количества венецианских семей против «герцога Кандии» Андреа Дзено. Еще более опасными были восстания местного населения, возглавляемые семьями греческих крупных землевладельцев, архонтов. Первое из таких восстаний продолжалось с 1273 по 1277 г. Во главе его стояли братья Хортацес (по-итальянски Кортацци), Георгий и Феодор, которые в 1274 г. внезапно напали в горном ущелье на герцога Марино Дзено. Половина венецианской знати осталась на поле боя. В 1277 г. Хортацесы загнали герцога Пьетро Дзено в его столицу Кандию, которую осадили. Казалось, венецианское владычество на острове вот-вот рухнет. Прибытие армии под командованием Марино Градениго вынудило восставших снять осаду, а затем покориться. Чуть позже другой греческий предводитель, Алексей Калергис, возглавил новое выступление, которое продолжалось не менее шестнадцати лет (1283–1299). Чтобы завершить его, Венеция решила купить покорность Калергиса: она добилась его верности, увеличив его земельные владения. Восстания 1319 и 1333 гг. были локальными. Причиной восстания 1332–1333 гг. стало вооружение за счет жителей двух галер; налоговый гнет вызвал общее недовольство и колонистов, и коренного населения. Восстание 1341–1342 гг., которое поднял греческий «патриот» Коста Капсокалини, охватило все коренное население, и в какой-то момент венецианцы вновь оказались заперты в Кандии и нескольких замках. Выступление было подавлено благодаря венецианским колонистам — владельцам фьефов, которые энергично выполнили свой воинский долг.
Последнее — и самое крупное — восстание греческого населения в 1363 г. было спровоцировано введением нового налога, предназначенного для финансирования ремонта порта Кандии, но на сей раз к нему в большом количестве примкнули венецианские колонисты, принадлежавшие к лучшим фамилиям, — Тито Верньер, Марко Градениго — без колебаний заключившие союз с лидерами национальной греческой партии Георгием Калерги и Захарием Калерги. Венецианский герцог, или губернатор, острова Леонардо Дандоло был арестован, заключен в тюрьму и заменен на одного из примкнувших к восстанию венецианских колонистов, Марко Градениго. Знамя со святым Марком восставшие заменили знаменем со святым Титом, покровителем критской церкви. Колония полностью отделилась. Венеции пришлось направлять на ее усмирение крупный флот под командованием Доменико Микеле да Санта-Фоска. Наконец, 10 мая 1364 г. Кандия была отбита у восставших. Затем венецианский капитан Джованни Мочениго покорил Ретимо и Канеа и вынудил повстанцев отступить в горы. Последние их группы были уничтожены только в 1366 г.[338]
В плане религии венецианцы на Крите, похоже, действовали менее либерально, чем в других местах, возможно, как раз из-за силы греческого национализма. Они заменили греческую церковную иерархию римской с архиепископством в Кандии и епископствами в Канеа, Кисамо и Мелипотамо. Что же касается греков, у них на острове больше не было прелатов, посвящение в сан их попов осуществлялось православными епископами Модона и Корона в Мессении. Невозможно не заметить твердую волю Республики Святого Марка обезглавить греческую оппозицию, лишив ее естественных вождей.