Находясь на подступах к Хорезму, Шейбани-хан направит наместнику предложение о добровольном подчинении. На что наместник Хорезма, Чин-Суфи, ответил отказом в весьма неделикатной форме. Началась жестокая десятимесячная осада главной крепости страны – Ургенча, и в августе 1505 г. она была взята. Чин-Суфи казнили, а туркмены, принимавшие в обороне крепости особо активное участие, понесли очень большие потери, их семьи испытали все ужасы насилия и кровавой расправы.
Не давая времени для особого расслабления своей армии, осенью 1505 г. Шейбани-хан направил большие отряды в набег за Амударью, в пределы Хорасана. Эти набеги были жестокими и грабительскими. Узбеки проникли до Меймене и Фаряба, все предавая грабежу и насилию, и обремененные богатой добычей возвратились обратно. Три пограничных эмира Султан-Хусейна выступили против узбеков. В жарком бою их войска были разбиты, а сами они погибли. Среди народа началась паника, искони жившие здесь кочевники снялись с мест и бежали в чужие земли.
Вот тогда-то Султан-Хусейн понял свою ошибку, заключавшуюся в том, что в свое время он не оказал помощи старшему сыну, Бадиуз-Земану, в его стремлении отразить нашествие войск Шейбани-хана. Султан-Хусейн решил немедля исправить настоящее положение дел. Он вновь вызвал сына в Герат и предпринял активные действия для мобилизации военных сил из разных областей империи.
К зиме армия была готова к походу. В январе 1506 г. Бадиуз-Земан с авангардом выступил в направлении Мургаба. Лично защищать свое государство решил и Султан-Хусейн, несмотря на слабое здоровье. Он вел главные силы, чтобы дать решительное сражение узбекам, помощи которых искал в дни своей молодости в ставке почти такого же старого, как сам теперь, Абулхайр-хана. Изможденный болезнями, Султан-Хусейн выступал ныне против того былого юноши Шахбэхта, которого он впервые увидел в ставке его деда. Во время очередного перехода, 5 мая 1506 г., Султан-Хусейна не стало. Эмиры, находившиеся в ставке, приняли безумное решение разделить престол умершего государя между его двумя сыновьями – Бадиуз-Земан-мирзой и Музаффар-Хусейн-мирзой, – а чтобы, по образному выражению историка, «основы договора и союза были бы скреплены крепкими нитями веры, чтобы другие братья не вышли из их повиновения и чтобы оба они, вступив на открытый путь взаимной верности, постарались бы вырвать с корнем дерево вражды», – эмиры заставили братьев поклясться на Коране, что они до конца своей жизни пребудут в согласии и единении. Однако, едва похоронив Султан-Хусейна и справив по нему семидневный траур, эмиры начали споры из-за верховной власти: одни, более дальновидные, стояли за единоначалие и выдвигали в качестве единоличного монарха Бадиуз-Земан-мирзу, другие стояли на том, чтобы быть на престоле двум братьям. В этих спорах приняла участие и мать принца Музаффар-Хусейна, желавшая видеть на престоле своего сына и потому стоявшая за двоевластие, а так как на ее стороне было большинство армии и эмиров из племени барлас, то в одну из пятниц, в начале июня 1506 г., в соборной мечети была прочитана хутба на имя двух государей.
Вновь обратимся к «Запискам», где Бабур об этом событии рассказывает со свойственной ему иронией: «Во время смерти Султан-Хусейн-мирзы из принцев присутствовали Бадиуз-Земан-мирза и Музаффар-Хусейн-мирза. Так как любимым сыном был Музаффар-мирза, а полновластным беком был его воспитатель Мухаммед-Бурундук, барлас, то и ближайшее окружение питало большее расположение к Музаффар-мирзе. Вследствие этого Бадиуз-Земан-мирза, колеблясь, имел в мыслях не приезжать к смертному ложу отца, но сами Музаффар-мирза и Мухаммед-бек, севши на коней, поехали, рассеяли сомнения Бадиуз-Земан-мирзы и привезли его. Тело Султан-Хусейн-мирзы привезли в Герат и, поднявши его с царственными церемониями, похоронили в построенном им медресе. При этом присутствовал также и Зуннун-бек. Мухаммед-Бурундук-бек, Зуннун-бек и еще оставшееся от Султан-Хусейна-мирзы окружение и бывшие с этими мирзами беки, собравшись на совет, с общего согласия посадили с Бадиуз-Земан-мирзой Музаффр-Хусейна на трон Герата. При дворе Бадиуз-Земан-мирзы полновластным беком стал Зуннун-бек, а при дворе Музаффар-мирзы – Мухаммед-Бурундук-бек; от имени Бадиуз-Земан-мирзы правителем города был поставлен Шейх-Али, а со стороны Музаффар-мирзы – Бусунт. Это было удивительное дело! От века никогда неслыханное, чтобы на царстве было два царя. Получилось все в противоречии со смыслом слов шейха Саади в его «Гулистане»: «Десять дервишей спят под одним паласом, а два царя не уживаются вместе в целом поясе земли».