Тем не менее Шейбани-хан пригласил знатных людей города к себе в ставку. Когда представители гератцев прибыли к Шейбани-хану, их с почетом встретили ханские сановники, отвели в одну из палаток и известили Шейбани-хана об их прибытии. Хан ответил, что он их примет после того, когда они представят ему известную сумму денег «за пощаду» и поднесут соответствующие подарки. Размеры контрибуции были таковы: с простонародья – 100 тыс. одномискальных тангачей (тангача равнялась 6 копекских динарам), от знати – лично Шейбани-хану – 20 тыс. тангачей и 15 тыс. – первому министру хана, кстати, пользовавшемуся его безграничным доверием.
После выполнения всех условий Шейбанихан принял гератскую знать. Также в ставку были вытребованы все женщины и девушки гаремов. Особенно хану понравилась жена Музаффар-Хусейна, племянница Султан-Хусейна, Михранид-бегим, на которой хан немедля женился. Своего же племянника, Убайдуллу-султана он женил на дочери Музаффар-Хусейна. Все ценности представителей династии темуридов пополнили казну Шейбани-хана.
27 мая 1507 г. в большой соборной мечети Герата была прочитана хутба с поминовением Абулхайр-хана и «имама времени и наместника всемилостивого» Мухаммеда Шейбани-хана. Любопытно, что Шейбани-хан, «побуждаемый высокими замыслами», отдал приказ о чеканке тангачи на полтанга больше, чем это было в темуридских тангачах, и с указанием, что когда новая монета «украсится выбитием на ней его августейшего имени», то она должна ходить за 6 копекских динаров, а тангачи прежнего темуридского чекана должны обращаться из расчета 5 копекских динаров.
Шейбани отныне мог считать себя полновластным распорядителем судеб всех обширных владений темуридов, самые же роскошные столицы которых – Бухара и Самарканд уже были его достоянием. Теперь предстояло докончить немногое – подчинить себе западную часть Хорасана, где еще оставались темуридские принцы и их эмиры.
Безуспешны были попытки военных сил темуридов остановить движение неприятеля. В этих войнах показали недюжинные способности узбекские полководцы: сын Шейбани – Тимур-султан, а также его племянник – Убайдулла-султан, сын его брата, преданного и неразлучного спутника всей жизни Махмуд-султана. На долю этих молодых полководцев и выпала задача завоевания Западного Хорасана, которую они успешно осуществили. Следует отметить, что узбекских принцев называли «султанами», в отличие от темуридских царевичей, именовавшихся «мирзами».
Итак, Шейбани, назначив в захваченные области своих наместников, главным образом из приближенных эмиров и узбекских принцев, отправился в Мавераннахр. Бухара устроила пышную встречу торжествующему победителю, который, не задерживаясь в этом городе, отправился в свою столицу Самарканд, где и провел зиму. Весной следующего года до Шейбани дошли слухи, что в Астрабадской области укрылись два последних гератских государя. В этом деле следовало ставить точку, и Шейбани-хан, мобилизовав свое войско, двинул его к Астрабаду. Прослышав о приближении мощной узбекской армии, Бадиуз-Земан-мирза бежал в Азербайджан, чтобы позже умереть в Константинополе, а Музаф фар-Хусейн-мирза умер еще до прихода Шейбани.