Когда весть о смерти Султан-Хусейна дошла до Шейбани-хана, он направил в Герат, преемникам, посла с письмом, в котором писал, что когда-то «их отцы жили во всегдашнем согласии и дружбе с его высоким домом, соблюдали по отношению к нему все обязательства повиновения, соответственно чему надлежит и Бадиуз-Земан-мирзе и Музаффар-Зусейн-мирзе поступать согласно поведению их предков, закрыть двери вражды к нему, Шейбани-хану, и не стараться идти по открытой дороге уклонения от этого, чтобы территория их государства осталась мирной и цветущей и их подданные, кои суть вещей, отданные им на попечение творцом всех тварей, не стали бы растоптанными копытами коней победоносных узбекских войск».
Разумеется, братья поняли подтекст послания и немедля стали готовить войска к отражению узбекского натиска. В это время пришло известие о том, что Шейбани-хан начал осаду Балха, к которой город, как оказалось, не был готов.
Лишь в начале осени 1506 г. братьям удалось подтянуть в Герат войска и выступить к Балху с большими силами. По пути к ним присоединились вассалы Хорасана и прибывший из Кабула Бабур со своими войсками. Все предвещало успех, и никто не сомневался в победе, хотя в отношении плана ближайших военных операций не было единства и каждый эмир предлагал свой план действий. Пока думали, как поступить, из Балха пришло известие, что изморенный голодом город сдался Шейбани-хану и узбеки, по образному выражению историка того времени, «начисто вымели его метлою потока и разграбления». Как только Шейбани-хан узнал, что все эмиры Хорасана, опираясь на помощь Бабура, готовятся вступить с ним в бой, незамедлительно переправил свою армию через Амударью и поспешным маршем направил ее на зимовку домой, в Мавераннахр.
Безусловно, это был прекрасный случай для противников Шейбани-хана выступить мощными объединенными силами против узбеков. Используя сильные армии, собранные под знаменами обоих принцев, им следовало продолжить поход против Шейбани и, возможно, вести войну уже на территории Мавераннахра, – это был их шанс, но они его упустили. Бабур и эмиры вернулись с войсками каждый в свое владение, а оба государя – в Герат. Одним словом, чагатайские эмиры оказались недальновидными, а стоявшие во главе их две фигуры последних темуридов – безвольными.
Тем временем поставивший себе целью захватить наследие Амира Темура Шейбани-хан по-прежнему инициативу держал в своих руках. В мае 1507 г. Герат получил известие, что армия Шейбани вступила в пределы Хорасана. Это обстоятельство вызвало полную растерянность в правящих кругах столицы, поскольку ничего не было готово к отпору узбеков. И вот тогда, как отмечают некоторые источники, у мусульман появился фаталистический взгляд на всю эту ситуацию: «…предопределенного причиною всех причин никакие человеческие силы предотвратить не могут, что волею неумолимого рока мера жизни дома Темура исполнилась и Хорасану суждено перейти в другие руки», поэтому никакие мероприятия эмиров и государей против этого не принесут пользы.
Посему город Андхуд был отдан Шейбани-хану с восточным подобострастием, Бадже – также. Путь на Герат был открыт. Седьмого мая узбекские авангарды появились на подступах к столице. Для принцев-темуридов этот факт был как гром среди ясного неба. Спешным порядком они выслали против узбеков войска, которые находились в крепости, что было равносильно, по мнению историка-очевидца, попытке «преградить стремительное течение большой реки броском горсти влажной земли». Конечно же гератские войска были разбиты. И когда подошли главные силы узбеков во главе с самим Шейбани-ханом, великолепная столица выдающегося темурида Султан-Хусейн-мирзы лежала у его ног совершенно беззащитной. Эмиры ретировались по разным городам, войска разбежались. Бадиуз-Земан-мирза направился в Кандагар. Его брат, Музаффар-Хусейн-мирза, простившись с семьей, спешно бежал из своей столицы на запад, в Астрабад.
Оставшиеся в городе сановники и духовенство пришли к логическому заключению о необходимости выразить покорность победителю. В тот же день с письмом к Шейбани-хану был отправлен переговорщик. Как только он выехал за ворота города, узбеки, находившиеся у стен крепости, отобрали у него лошадь, раздели донага и в таком виде доставили его к Шейбани-хану. Последний, ознакомившись с петицией гератцев, объявил себя полновластным распорядителем доставшейся ему империи темуридов. А гератцы, заперев ворота своих домов, в страхе ожидали участи. И в своем ожидании худшего они не ошиблись: «Многие знатные и именитые люди испытали крайние унижения, вопли больших и малых неслись до самого неба, а гаремные красавицы уважаемых семей становились пленницами узбекских солдат и пребывали во всевозможных мучениях, с челом Венеры, целомудренные девицы влеклись за свирепыми, как Марс, монголами по улицам Герата и ни минуты не находили от них покоя».