У истоков мятежа в Кашмире стоял «Фронт освобождения Джамму и Кашмира». Пакистанская ветвь этой формально светской организации образовалась еще в январе 1964 года, после «Хазратбальского инцидента», на территории «Азад Кашмир»159, индийская ветвь – в 1988 году, в индийском штате Джамму и Кашмир160. «Фронт» требовал признать суверенитет Кашмира и провести плебисцит в штате. Пакистанские спецслужбы оказывали поддержку «Фронту», но только на первых порах. С 1990 года пакистанская межведомственная разведка ИСИ (Inter-Services Intelligence, ISI) начала работу с его лидерами, чтобы те заняли более пропакистанскую позицию, а сама организация стала исламской, а не светской. Но это удалось им лишь отчасти. В организации произошел раскол, в результате чего образовалась кашмирская ветвь «Фронта» во главе с бывшим боевиком Ясином Маликом, выступавшая за независимость как от Индии, так и от Пакистана, и пакистанская ветвь – во главе с эмигрантом Амануллой Ханом.
Исламисты, прежде всего «Джамаат-э-Ислами», хотя и оказывали политическую поддержку мятежникам, в первое время предпочитали оставаться в стороне от мятежа. Только с начала 1990-х гг. в Кашмирской долине начал действовать ряд исламских террористических организаций. Некоторые из них – например «Хизб-уль-Муджахиддин» и ее дочерняя организация «Аль-Барк» – выступали за присоединение Кашмира к Пакистану. В то время как базировавшиеся в основном в Пакистане и «Азад Кашмире» «Харкат-уль-Джихад-аль-Ислами» и родственные ей «Харкат-уль-Муджахидин» и «Харкат-уль-Ансар»161, «Лашкар-э-Тайба» (обр. в 1980 г. в пакистанской части Кашмира, в индийской части Кашмира действовала с 1990-х гг.162), «Джаиш-э-Мохаммад» (обр. в 2000 году163), «Аль-Бадр» (с 1998 года)164 и другие шли дальше, провозглашая своей целью борьбу за чистоту ислама, введение законов шариата, «джихад» против неверных, вплоть до создания всемирного исламского государства. Время от времени им удавалось силой устанавливать законы шариата в своем собственном истолковании: запрет на кинотеатры, сигареты (не говоря уже о спиртных напитках), исламский дресс-код для женщин. Многие из этих группировок имели штаб-квартиры и лагеря подготовки своих боевиков в пакистанской части Кашмира, в самом Пакистане, а то и в Афганистане. После подготовки боевики пересекали ЛК, чтобы попасть в индийский Кашмир, почему их действия в Индии окрестили «трансграничным терроризмом». Большинство джихадистских группировок («Харкат-уль-Джихад-аль-Ислами», «Лашкар-э-Тайба», «Джаиш-э-Мохаммад») были связаны с Аль-Каидой.
Протесты и первые акты насилия с обеих сторон, начавшиеся в середине 1980-х, привели в 1989 году к мятежу, охватившему всю Кашмирскую долину, и в течение 1990-х индийские власти, силы безопасности, полиция, войска безуспешно пытались подавить его. В январе 1990 года началось массовое бегство кашмирских индусов. К началу мятежа в Кашмирской долине проживало от 130 до 140 тысяч индусов, но в начале 1990-х гг. примерно 100 тысяч из них были вынуждены покинуть свою родину и бежать в Джамму или в другие штаты Индии165. В конечном счете, к 2010 году, по данным индийского правительства, их оставалось всего 3.445 человек166. «Кашмирият» ушел в прошлое.