С начала нового 1905-1906 учебного года среди гимназистов и их родителей пошли упорные слухи о предстоящем отстранении Анненского от должности директора. И вот - сперва к попечителю учебного округа, а потом к министру народного просвещения поступили петиции от родителей (всего 128 подписей) - с просьбой оставить Анненского на его посту. Тревоги родителей не были напрасны: намерение сместить Анненского существовало. Но петиции, вероятно, возымели обратное действие, подтвердив популярность директора, вызывавшего недовольство высших чиновников.
Анненский же вновь проявил полную бескомпромиссность, выступив в защиту учеников-старшеклассников, принявших участие в уличных демонстрациях, а в самой гимназии устроивших 4 ноября такую сильную химическую обструкцию, что на время пришлось прекратить занятия. Обструкция и сделалась предметом обсуждения 6 ноября на собрании педагогического совета совместно с родителями гимназистов. Здесь, как зафиксировано в протоколе, Анненский сказал, что "он считает всех учеников гимназии благородными независимо от взглядов, заблуждений и даже проступков и полагает этот взгляд лично для себя обязательным. На вопрос одного из родителей, считает ли г-н директор благородными и тех, которые произвели обструкцию, г-н директор ответил утвердительно; означенные слова г-на директора занесены в протокол по настоянию присутствовавшего на собрании г-на Меньшикова" (реакционнейшего журналиста из газеты "Новое время"). Далее, после бурного обсуждения, Анненский заявил, что "он лично убежден в нецелесообразности репрессивных мер". Затем "педагогический совет, удалившись в отдельную комнату, отклонил большинством голосов требование (некоторой части родителей. - А. Ф.) о принятии на себя расследования дела об обструкции" {Ленингр. гос. истор. архив. Ф. 139, оп. 1, д. 10284. Л. 74-77; д. 10241. Л. 102-104.}. Твердая позиция Анненского нашла поддержку со стороны как преподавателей, так и родителей. В итоге никто из "крамольных" юношей не пострадал, тем более что вопрос об их участии в уличных выступлениях поставлен не был.
Но самому Анненскому все это не прошло даром. В первые же дни 1906 года он был удален с директорского поста "согласно поданному прошению" (то есть с "соблюдением приличий" - во избежание возможного шума) и переведен на должность инспектора Петербургского учебного округа, периодически требовавшую длительных поездок в разные, нередко и отдаленные, города Петербургской и соседних с ней губерний. Для него, человека уже в летах, с больным сердцем, это было тяжело; теперь он был оторван и от общения с молодежью, которое ему было дорого.
Семья Анненских переехала из квартиры при гимназии в частный дом, но Царское Село не покинула. Иннокентий Федорович по определенным дням ездил в Петербург для приема посетителей в канцелярии учебного округа и на заседания Ученого комитета Министерства просвещения, членом которого он был назначен еще в 1898 году, выезжал в командировки. Он внимательно следил за состоянием учебного дела в инспектируемых гимназиях и училищах, составлял каждый раз подробные отчеты. Приходилось ему и теперь вставать на защиту - уже не учеников, а учителей. Так, в мае 1906 года при поездке в Вологду он отвел беду от двух учительниц тамошней женской гимназии и священника гимназической церкви, который по их просьбе отслужил панихиду по лейтенанту П. П. Шмидту, казненному 6 марта того же года. Анненский не дал хода возникшему было "делу", и для "замешанных" в инциденте (на которых, очевидно, поступил донос в округ) все кончилось благополучно {Ленингр. гос. истор. архив. Ф. 139, оп. 1, д. 10250 ("О ревизии учебных заведений С.-Петербургского учебного округа"). Л. 52.}.
Служба, казенщина все более угнетают поэта. Но твердая творческая воля не изменяет ему. Так, и в полном для него волнений 1905 году он продолжает переводить Еврипида, и этот труд продвинулся теперь настолько, что впору уже думать о выпуске в свет целого собрания переведенных трагедий и статей о них. К лету 1905 года нашелся издатель - товарищество "Просвещение", и поэт занят подготовкой первого тома, который выйдет в следующем году. В 1905 году Анненский пишет ряд статей о русских прозаиках XIX века и современниках; статьи вместе с ранее написанным очерком о Бальмонте составят "Книгу отражений", которая выйдет позже, в 1906 году. Летом 1906 года поэт завершает "вакхическую драму" "Фамиракифарэд", выхода в свет которой он уже не увидит. На первый том "Театра Еврипида" с большими положительными рецензиями выступит несколько знатоков античности, но книга плохо будет раскупаться, залежится в магазинах, издание продолжения не получит. "Книгу отражений" критики встретят поверхностными отзывами - как сочувственными (К. Эрберг), так и резко отрицающими (К. Чуковский); глубина и оригинальность очерков Анненского окажется неоцененной.