«14 или 15 февраля 1936 года я на банкете в Париже у генерала Гамелена, начальника французского генерального штаба, имел переговоры с его заместителем о том, как они отнесутся к изменению политического строя в Советском Союзе, учитывая приход к власти Тухачевского...»
30 мая арестовали заместителя начальника политического управления Красной армии армейского комиссара 2-го ранга Гайка Александровича Осепяна. Военный врач, он был одним из основателей компартии Армении. В 1918—1921 годах работал в Наркомате по делам национальностей у Сталина, затем служил комиссаром в Армянской стрелковой дивизии. В 1927-м его избрали первым секретарем ЦК компартии Армении, но в 1928-м вернули в армию. С 1929-го работал в политуправлении РККА.
Ян Гамарник в течение долгих лет был ближайшим сотрудником Ворошилова. В 1913 году Гамарник поступил в Петербургский психоневрологический институт, через год перевелся на юридический факультет Киевского университета, участвовал в борьбе за установление советской власти на Украине. Это он первым оценил военные таланты Ионы Якира. После Гражданской войны Гамарник был председателем Киевского губкома, секретарем Дальневосточного крайкома партии. В 1928 году его избрали первым секретарем ЦК компартии Белоруссии, а в 1929-м назначили начальником политического управления РККА, на следующий год сделали еще и заместителем наркома.
20 мая политбюро утвердило решение о назначении Гамарника членом военного совета Среднеазиатского военного округа. Судя по обычной практике, его должны были арестовать в пути или по приезде в штаб округа.
Но когда решалась его судьба, Ян Борисович болел (он страдал сахарным диабетом) и находился дома. Он не мог ехать. Жена Гамарника, которую потом тоже посадили, рассказывала в лагере, что к мужу заглянул маршал Блюхер и по-дружески предупредил, что на него есть материалы. Сын Анастаса Ивановича Микояна Степан (военный летчик, Герой Советского Союза и генерал-лейтенант) пишет, что его отец тоже предупреждал Гамарника. Микоян и Гамарник дружили.
28 мая Гамарник получил из аппарата ЦК разосланное членам и кандидатам в члены ЦК ВКП(б) извещение:
«ЦК ВКП(б) получил данные, изобличающие члена ЦК Рудзутака и кандидата в члены ЦК Тухачевского в участии в антисоветском троцкистско-правом заговорщическом блоке и шпионской работе против СССР в пользу фашистской Германии.
В связи с этим Политбюро ЦК ВКП(б) ставит на голосование членов и кандидатов в члены ЦК предложение об исключении из партии Рудзутака и Тухачевского и передаче их дела в Наркомвнудел».
Гамарник написал на своем бюллетене: «Голосую за предложение Политбюро». Он надеялся, что его минует чаша сия.
30 мая утром, это был выходной день, медицинская сестра, дежурившая у Гамарника, обнаружила у него под подушкой пистолет, которого раньше не видела.
31 мая Ворошилов подписал приказ:
«Отстранить от занимаемой должности, исключить из состава Военного совета при наркоме обороны СССР начальника Политического управления РККА армейского комиссара 1-го ранга Гамарника Яна Борисовича, как работника, находившегося в тесной групповой связи с Якиром, исключенным ныне из партии за участие в военно-фашистском заговоре».
К Гамарнику приехали управляющий делами Наркомата обороны Иван Васильевич Смородинов и новый начальник Управления по начальствующему составу РККА Антон Степанович Булин и забрали ключи от служебного сейфа.
Гамарник понял, что его ждет, и застрелился. Его, судя по всему, собирались посадить на скамью подсудимых рядом с Тухачевским, Якиром, Уборевичем и другими.
2 июня 1937 года тело Гамарника кремировали в крематории на Шаболовке. Проводить его в последний путь не пришел ни один из сослуживцев.
10 июня 1937 года вдову и дочь выслали в Астрахань. Туда высылали и семьи других арестованных военных. В сентябре жен расстрелянных военачальников арестовали, их держали в Темниковских лагерях в Мордовии (потом расстреляли), детей отправили в детский дом под Свердловском. В 1949 году дочь Гамарника Викторию (у нее было двое детей) тоже арестовали. Особое совещание приговорило к десяти годам ссылки в Красноярском крае.
На его даче в бывшем имении нефтепромышленника Зубалова, которое теперь именовалось «Горки-2», поселился маршал Борис Михайлович Шапошников.
После первой серии арестов Сталин и Ворошилов решили провести расширенное заседание Военного совета при наркоме.
1 июня всем участникам заседания Высшего военного совета представили «показания» Тухачевского, Якира, Корка, Фельдмана, Путны и других. Материалы, подготовленные особым отделом ГУГБ НКВД, размножили на пишущей машинке, но экземпляров было мало, поэтому управляющий делами наркомата Смородинов просил читать быстро и передавать другим.