18 апреля судно подошло к острову Алухту Алеутской гряды. Тут взятый на борт с коралловых тропических островов полинезиец Каду впервые в своей жизни увидел покрытые льдом горы. Он был безмерно изумлён, не хотел верить, что земля вздымается так высоко в небо, достигая облаков, да ещё такой невероятной белизны. В сознании Каду это воспринималось как волшебство. Ещё больше удивился он падающему снегу. Каду пытался ловить руками белые хлопья, ужас охватывал его, когда снег таял в руках.
Между тем «Рюрик» стал на текущий ремонт в гавани Уналашки. Коцебу со штурманом Хромченко отправился на байдаре для описания ещё не закартированных островов.
Миновал май, подходил к концу июнь. «Рюрик» покинул Уналашку и пошёл по Алеутским островам: острова Св. Георгия, Св. Павла, Св. Лаврентия...
Цель была всё та же — проникнуть в Берингов пролив. Но на сей раз это не удалось: лёд простирался на северо-восток до самого горизонта, покрывая ровным слоем всю поверхность моря.
Было огорчительно, что не удалось пройти в Берингов пролив. Но в то же время Коцебу чувствовал, что не смог бы довести там работу до конца. Его физическое состояние, вызванное ударом в грудь при падении во время шторма 13 апреля, после ухода с Уналашки с каждым днём ухудшалось. Болезнь оказалась серьёзной. Коцебу письменно объявил экипажу, что должен возвратиться в Уналашку из-за болезни. 22 июля «Рюрик» бросил якорь в Капитанской гавани.
В Уналашке нельзя было запастись хлебом, но зато можно было взять много сушёной трески. Собственно, она и составляла почти всю провизию. Для того чтобы восполнить недостаток в припасах и продолжить ремонт «Рюрика», Коцебу решил изменить маршрут корабля. По инструкции он должен был возвращаться через пролив Торреса, но Коцебу решил идти на Филиппины и Манилу. Чтобы извлечь максимальную пользу из вторичного посещения Сандвичевых островов, он задумал перевезти некоторые растения и животных на архипелаг Радака, пополнить жизнь коралловых островов, туда будущие мореплаватели могли заходить за провизией. А от Сандвичевых островов решено было направиться к Маркизским: в пространстве между этими архипелагами Коцебу рассчитывал сделать новые открытия. На Гавайях русские моряки снова встретились с королём Камеамеа. Для Каду был удивителен и непонятен мир Гавайских островов, хотя и более близкий, чем полярные страны, но он не понимал и языка южных островитян. Зато когда Каду вернулся на свой родной остров Отдия в цепи Радака, радость его была безмерной, хотя он совершенно не мог уяснить, как могли найти его остров после долгого блуждания по океану. Соплеменникам Каду без умолку рассказывал о своих похождениях. Он очень хотел поехать в Санкт-Петербург, но когда узнал, что его сын тоскует по отцу, изменил своё намерение и решил остаться дома.
На необитаемых Марианских островах испанцы заселили только один — Гуагама. Там был единственный город — Агадиа, состоявший из 200 домов, в них жило около 1500 человек, выходцев из Мексики и Филиппинских островов. Населявшие остров коренные жители вымерли. Для восполнения населения испанцы перевезли несколько семей с Сандвичевых островов. Коцебу поразило, насколько изменились весёлые и легкомысленные островитяне Южного моря, оказавшись в условиях угнетения: «В их поступках обнаруживается только одно раболепие».
В Манильской гавани «Рюрик» был 17 декабря; о прибытии русского корабля сообщил телеграф. На острове Коррехидор подошло шестнадцативёсельное судно. Два офицера от имени губернатора приветствовали прибывших, очень лестно говоря о России, называя её «спасительницей Европы». Вместе с Шамиссо, знавшим испанский язык, Коцебу поехал к губернатору, который разрешил «Рюрику» идти для ремонта в порт Ковите. Работа была хорошо организована и прошла быстро. 28 января, посетив в Маниле губернатора и выразив ему благодарность за помощь, русские мореходы готовы были покинуть остров Лусон и Филиппинские острова. Французский корабль «Эглантин» присоединился к «Рюрику», так как у французов не было хронометра. Вместе суда вышли в океан и 8 февраля в 6 часов вечера пересекли экватор. Внезапно у самого горизонта показался корабль под парусами, в нём можно было признать малайское пиратское судно. Имея хороший ход, оно держалось на удалении, рассчитывая, видно, напасть под покровом темноты. И действительно, в глубокой ночной тишине, еле видимое, судно оказалось рядом. Коцебу развернул «Рюрика» правым бортом и скомандовал «Пли!» — из всех восьми пушек. Пиратское судно сразу изменило курс.
30 мая «Рюрик» обогнул мыс Доброй Надежды и направился к Кейптауну. Якорь в Столовой бухте был брошен вовремя, потому что вскоре начался жестокий шторм. Впрочем, он стих, как только судно подошло ближе к городу и стало на рейде между другими кораблями.
Визит к губернатору, лорду Соммерсету, был главным событием. Потом осталось только заполнить бочки водой и запастись свежими продуктами.