В Тобольске положение Аввакума неожиданно оказалось весьма благоприятным. Тобольский архиепископ сам был в душе противником Никоновых новшеств. Он принял Аввакума с полным радушием и дал ему церковный приход. Но Тобольск оказался лишь кратковременною пристанью среди житейских скитаний Аввакума. Аввакум не умел и не хотел ни от кого прятать своих убеждений, наоборот, он властно и резко требовал для них общего признания. У таких людей никогда не бывает недостатка ни в жарких поклонниках, ни в заклятых врагах. Врагов у Аввакума было немало, и они не дремали. Скоро пришел из Москвы приказ причислить Аввакума в качестве священника к военному отряду, отправлявшемуся на далекий Амур для изыскания там удобных к поселению мест и для основания на таких местах русских крепостей. И вот началось для протопопа исполненное ужасных лишений плавание по рекам Восточной Сибири. Ехали на первобытных дощаниках, плоскодонных барках, среди дикой природы. Реки были бурные, то и дело встречались пороги, на которых путникам не раз приходилось подвергать опасности самую жизнь. А вдоль рек стояли мрачные скалы и изредка показывались всегда готовые напасть на отряд туземцы. «О, горе стало, — описывал позднее Аввакум это путешествие, — горы высокие, дебри непроходимые, тес каменный, яко стена стоит, и поглядеть — так заломи голову». Трудности пути увеличивались еще тем, что отряд был недостаточно снаряжен провиантом. Бывали моменты, когда люди прямо мерли с голоду или кое-как питались травами, сосновой корой и даже встреченной на дороге падалью. Все эти лишения отрада приходилось делить и Аввакуму с семьей. «Что волк не доест, то мы доедим, — вспоминал он позднее, — и стал я волею-неволею причастен к кобыльим и мертвечьим звериным мясам».
И вот среди такой-то и без того тяжелой обстановки Аввакум вступил еще в неравную борьбу с начальником отрада, воеводой Пашковым. Пашков оказался грубым и жестоким самодуром. Он был из тех воевод доброго старого времени, которые, пользуясь отдаленностью управляемых ими областей от столицы и помня пословицу «До Бога высоко, до царя далеко», не знали удержу властолюбивым замашкам и привыкли играть подвластными им людьми, как пешками. Запасшись лично для себя всем нужным, Пашков не облегчал бедственного положения руководимого им отрада, а только старался разгонять усталость людей взысканиями и побоями.
«Река мелкая, — писал Аввакум, — плоты тяжелые, люди голодные, а тут — пристава немилостивые, батоги суковатые, пытки жестокие. Иного станут мучить — ан и умрет».
Аввакум не мог остаться спокойным свидетелем такого угнетения и, хотя он вполне зависел сам от Пашкова, как от начальника отрада, он не замедлил возвысить свой обличительный голос против действий воеводы. Когда самодурство Пашкова дошло до крайних пределов — он хотел насильно отдать в замужество двух 60-летних стариц из встретившегося с отрядом каравана — Аввакум написал ему резкое, укорительное послание. Пашков вскипел гневом. Произошла дикая сцена. Аввакума избили, бросили связанным в воеводский дощаник, а при остановке отрада на зимовку, не доезжая Байкала, засадили в холодную тюрьму. Когда с наступлением весны экспедиция снова двинулась в путь и, переплыв Байкал, потянулась к верховьям Амура, Пашков не дал Аввакуму подводы, и, кое-как пристроив детей на телеги, протопоп с женою должен был брести за отрядом пешком. Трогательно описывает Аввакум, как шли они рука об руку с женою, когда уже миновало лето и опять в лицо путников дохнула суровая сибирская зима.
«Страна варварская, иноземцы немирные. Отстать от лошадей не смеем, а за лошадьми не поспеем, голодные, томные люди. Протопопица бедная бредет-бредет да и повалится, — скользко гораздо!.. На меня, бедная, пеняет: «Долго ли мука сея, протопоп, будет?». И я говорю:
— Марковна, до самыя смерти.
Она же, вздыхая, отвещала:
— Добро, Петрович, ино еще побредем.
В чем черпали эти люди силы для перенесения всех этих лишений? Они черпали их в сознании важности и необходимости своего подвига, в вере в правоту того дела, за которое страдали. Морально победителем был не воевода, а Аввакум, и угнетаемые воеводой люди льнули к мужественному протопопу, впивали в себя его слова, делались ревностными последователями его учения. И у Аввакума не угасала надежда на то, что его дело не погибнет, что сердце народа устоит против Никоновых соблазнов. Неожиданная весть из столицы еще более окрылила эту надежду. Вскоре по водворении отряда на конечном пункте путешествия пришел указ с повелением вернуть Аввакума в Москву. Что означал этот указ? Для Аввакума не было сомнения в том, что это было знаком полной победы его партии: если его зовут обратно в столицу, это значит, что «воссияла чистая старая вера, низложен антихрист, спасена от дьявола Россия». И Аввакум с торопливой поспешностью собрался в обратный путь. Он спешил на Москву, как торжествующий победитель.