Александр Казимирович открыто покровительствовал католическим монахам. При нем в 1498 г. был основан в Полоцке бернардинский монастырь, а в 1501 г. призваны в Вильну из Полыни доминиканские монахи, для содержания которых он отдал приходский костел Св. Духа. Такое усиление в Литве католического духовенства предпринято было Александром для более успешного совращения православных в латинство, и при его поддержке католические монахи принялись за это дело с присущей им энергией. Они целыми толпами разъезжали по всем областям Литовского государства с проповедью об унии. Встречая же в православных непоколебимую преданность родной вере, проповедники унии прибегали к насилию: они закрывали православные церкви, упорных защитников отдавали под суд, заключали в тюрьмы и т.п. Папа Александр VI своими грамотами на имя Виленского бискупа поддерживал ревность своих слуг, а в грамотах к королю восхвалял последнего за его верность Риму. Усердие католического духовенства доходило даже до того, что оно пыталось насильно совратить в католичество православную супругу Александра Казимировича Елену Ивановну. Эти попытки предпринимались не без влияния и участия папы Александра VI. Так, в одной из своих грамот, посланной королю Александру (1501), папа, восхваляя его ревность и старание обратить православных в католичество, писал: «Ты дал клятву своему тестю никогда не принуждать Елену к римской вере и даже, если бы она сама захотела, не дозволять того, и ты уже пять лет честно исполняешь обещание, сам не принуждая жены; но другие светские и духовные сколько ни убеждают ее, она остается непреклонной. Поэтому ты спрашиваешь нашего совета, что тебе делать. Мы хотим и обязываем тебя, чтобы ты, несмотря на данные обещания и клятвы, от которых тебя освобождаем, позаботился еще побудить свою жену к принятию римской веры. Если же Елена опять не согласится, то мы поручаем Виленскому епископу, чтобы он убеждал ее и в случае необходимости принуждал мерами церковного исправления и другими законными средствами; а если и затем останется непреклонной, то отлучил бы ее от сожительства с тобой и совершенно удалил от тебя». А Виленского бискупа Войцеха Табора папа уполномочил в случае непослушания Елены не только отлучить ее от сожительства с мужем, но и удалить ее из дома и конфисковать все ее имущество.
Если папа вкупе с польским католическим духовенством дошел до таких посягательств на веру дочери могущественного московского князя, то что говорить об их отношении к простым смертным, которые не только не имели в своем короле защитника, а, напротив, терпели от него притеснения.
Самым ярым врагом православных в Литве был Виленский бискуп Войцех Табор. В 1501 г. он получил от папы Александра VI буллу, которой папа утвердил за ним право «светского меча» и тем разрешил ему преследовать и даже казнить противников латинства.
При короле Александре сделана была новая попытка ввести в Литве унию. После преемников митрополита Мисаила, остававшихся православными, на Киевскую митрополию вступил Смоленский епископ Иосиф Болгаринович, приверженец унии с Римом, сразу ставший действовать в этом направлении. Он обратился к папе Александру VI с письмом, в котором исповедал веру по образцу латинскому, признал Флорентийскую унию и отдавал себя и свою Церковь под покровительство папы. Эта измена православию митрополита Болгариновича, однако, не внесла разложения в Западно-Русскую Церковь. В 1501 г. митрополит Болгаринович умер, и после его смерти почти целое столетие не было попыток ввести в Литве унию, так как следовавшие друг за другом митрополиты оставались строгими ревнителями православия.
Во время гонений на православных многие знаменитейшие литовско-русские магнаты, не перенося стеснений в вере, перешли при короле Александре со своими владениями под власть московского государя. Об этом переходе и о приверженности русских к родной вере вот что писал в 1500 г. краковский каноник Иван Сокран: «Из всех народов, носящих имя христиан, но отделенных от Римской Церкви, нет ни одного, который был бы так непоколебим в защите своего схизматического заблуждения, как народ русский. По упорству к своей схизме русские не верят никакой предлагаемой им истине (?), не принимают никакого убеждения и всегда противоречат; убегают от ученых католиков, ненавидят их учение, отвращаются от их наставлений. Признают только самих себя истинными последователями апостолов и первобытной Церкви и все анафематствования против них из Рима считают вечным для себя благословением... Русские люди до того ненавидят веру латинян, что желали бы не только всячески вредить ей, но даже искоренить во всем мире. Едва только великий князь Литовский начал в своих владениях обращать русских к единству Римской Церкви, как их князья и воеводы с яростью поспешили передаться великому князю, защитнику их схизмы».