Обрушились на православных гонения и со стороны иезуитов и латинян. Не прошло 2—3 лет со времени введения унии, как летописи, отмечавшие преследования православных, стали заполняться разительными фактами насилия. Приведем для примера следующий случай, имевший место в г. Вильне в 1598 г. Тотчас же после объявления унии у Православных г. Вильны был отнят Свято-Троицкий храм, находящийся при Свято-Троицком монастыре, и православные построили невдалеке от него новый храм. Приближался праздник Пасхи 1598 г. В Великую Субботу под вечер, когда в церкви делались обычные приготовления к Светлому празднику, в храм прибыл ксендз Гелиашевич с толпой до 50 студентов иезуитской академии. Прибывшие вторглись в алтарь, кощунственно сбросили с престола Святое Евангелие и крест, а затем, выйдя через Царские врата на середину церкви, где находилась Святая Плащаница, схватили ее и стали с тем же кощунственным глумлением носить по церкви и бросать из стороны в сторону. Церковники и церковные служители стали уговаривать бесчинствующих прекратить глумление над святыней и за это подверглись гнусной брани и даже побоям. В ночь Светлого Христова Воскресения студенты-иезуиты явились в Духовский храм к началу службы и, окружив Плащаницу, пытались опрокинуть ее, толкали молящихся, а женщин кололи шпильками и, выступив к алтарю, препятствовали причастникам подходить ко Святой Чаше. Еще большее бесчинство произвели иезуитские студенты в тот же день вечером. Явившись на вечерню вооруженными, они разместились в притворе, у церковных дверей, среди храма, кололи молящихся шпильками, а женщин потирали пальцами по устам, по лицу и говорили им бесстыдные слова. Несколько раз наносили удары кадившему священнослужителю во время каждения им храма, а затем, заняв места при самом амвоне, не пропускали священно- и церковнослужителей для совокупных праздничных песнопений. Когда же участвующий в пении бакалавр братской школы стал просить бесчинствующих хотя немного податься назад, избили его по лицу. Мало того, выйдя из храма и соединившись с толпой, ожидавшей их у храма и вооруженной ружьями, луками, топорами и камнями, начали штурмовать коллегиум братский (школу) и соседний братский дом. Выломали там ворота, повыбили окна, повредили стены зданий, пробили крышу и изранили прислугу. Не оставили они своих бесчинств и на следующий день. Явившись с оружием к Свято-Духовской церкви и разделившись на группы, произвели нападение на братский коллегиум, на дома братчиков, на православное кладбище; били и преследовали людей, шедших в церковь; наконец вторглись в храм и произвели там сильную тревогу и замешательство в богослужении. Все это делалось с целью вызвать со стороны православных сопротивление в церкви и произвести там кровопролитие, что послужило бы достаточным основанием для закрытия православной церкви. Православные понимали цель своих врагов, и посему мужественно переносили жестокие оскорбления; они плакали от огорчения и молились, но сопротивления не оказали.