Монгольские войска, пришедшие к нему на помощь, «вместо того чтобы вступить в сражение, слезли с коней и принялись грабить отставших солдат». Выражая свои чувства в презрительных стихах, он восклицает:
Странно видеть эти строки, написанные основателем династии Великих Моголов в Индии! На самом деле Бабур считал себя чагатайским тюрком, а разве не был Тамерлан тюрком из племени барласов?
После разгрома Бабура Шейбани осаждал Самарканд до тех пор, пока голод не стал уносить приверженцев молодого князя, и, продержавшись семь месяцев, тот был вынужден прийти к соглашению с вождем узбеков, который захватил и взял в жены старшую сестру Бабура Ханзаде-бегум. Некоторое время Бабур скитался в горах, а затем нашел прибежище у своего дяди по материнской линии Махмуд-хана в Ташкенте, где он пишет: «Я терпел страдания и огромную нужду. У меня не было ни страны, ни надежд на ее обретение».
Сопровождая своих дядей, он попытался возвратить себе Фергану. В сражении он получил тяжелое ранение стрелой, которая пронзила его правое бедро, и бежал в Ош. Его дяди, проявив типичное двуличие, прибрали к рукам города в окрестностях Ферганы, которые ранее захватил Бабур. Позднее, поддавшись на уловки предателя, заманившего его в Ахси, он чуть не был схвачен своим главным врагом – Тамбалом, и в его «Воспоминаниях» есть поистине драматический рассказ о его бегстве из ловушки, в которую он попал. Во время бегства Бабура проводниками были люди, которые планировали выдать его, и он был в полном отчаянии, когда двое его самых преданных слуг с двадцатью воинами спасли его и связали предателей.
Бабур возвратился в Андижан, но Шейбани-хан, двигаясь из Самарканда с сильным войском, разграбил Ташкент, а вслед за этим победил и захватил в плен двух его дядей-ханов неподалеку от Ахси.
После этой окончательной катастрофы Бабур провел целый год, прячась в горах. Затем, оказавшись в крайней нужде, он поехал в Гиссар. Этим государством правил Хусру-шах, кипчак тюркского происхождения, который в прошлом был визирем Махмуд-мирзы. Вот что пишет Бабур: «Он приказал выколоть глаза у одного и убить второго сына благодетеля, на службе у которого пользовался покровительством и защитой». По прибытии Бабура Хусру-хан, по словам мирзы Хайдара, «отвратил лицо сострадания и повернулся спиной суровости к этому благожелательному человеку». Далее он добавляет: «Как часто в несчастье есть скрытое благословение: в этот переломный момент приближение знамен Шахибека к Гиссару заставило хвастуна Хусру-хана покинуть свое царство. Он бежал в Гурские горы, а оказавшись там, узнал, что император все еще находится в горах. В ту же ночь его слуги и свита – от мала до велика, от мирзы до конюха – все толпой явились ко двору императора».
Благодаря этому поразительному повороту колеса фортуны, достойному «Тысячи и одной ночи», Бабур из скитальца, не имеющего сторонников, внезапно оказался во главе сильного войска. Он решил немедленно напасть на Кабул. Этим государством правил его дядя Улуг-мирза, а после его смерти в 1501 г. этим городом завладел сын Зуннум Аргуна Муким, вытеснивший Абдурразака – сына Улуг-мирзы. Не имея возможности противостоять могучему войску под командованием Бабура, Муким сдал ему провинции Кабул и Газни и получил разрешение проследовать в Кандагар со своей свитой и богатствами. Благодаря этому завоеванию Кабула Бабур получил ключи от Индии. Она оставалась во владении династии Великих Моголов, основанной Бабуром, более двух веков.
О своем новом завоевании Бабур пишет: «Страна Кабул расположена посреди населенной части мира. Со всех сторон ее окружают горы. Зимой все дороги закрыты пять месяцев, за исключением одной. Разбойники-кафиры спускаются с гор по узким тропкам и заполняют этот проход. Эта страна очень каменистая и труднодоступная для чужестранцев и врагов».