По возвращении из Индии Шир-Али, по совету лорда Майо, с большим рвением принялся проводить реформы, среди которых было создание совета, состоявшего из тринадцати человек, для консультаций по всем административным вопросам. Однако Шир-Али вскоре понял, что вожди преследуют свои собственные интересы, и это нововведение сошло на нет. Он также энергично взялся за решение вопроса финансов, и было решено собирать земельные доходы не так, как до этого: половину натурой, половину деньгами, а полностью деньгами. Шир-Али также был против того, чтобы передоверять правителям сбор налогов. Наконец, чтобы обеспечить регулярные выплаты жалованья войскам, он отдал приказ, чтобы для этой цели из четырех главных провинций были выделены 39 лакхов. Затем армия была реорганизована: все нерегулярные войска стали регулярными и стали получать жалованье наличными вместо содержания, присылаемого из деревень. Чтобы удержать людей под знаменами, были приложены усилия к тому, чтобы для всех родов войск подготовить руководства на языке пушту. Также армия стала постепенно переходить на военное обмундирование.
Вице-король поддержал усилия эмира, подарив ему 1200 двунарезных винтовок Брунсвика, 1200 трехнарезных карабинов и 1000 гладкоствольных пистолетов. Тем временем в Кабуле не без успеха стали производить пушки Армстронга. В марте 1871 г., как сообщалось, регулярные войска получили жалованье за одиннадцать месяцев предыдущего года, но были недовольны, потому что месячное жалованье вычли из общей суммы за год в качестве платы за обмундирование! Меньшее значение имели: организация почтового сообщения с Пешаваром (для чего стали изготавливать марки), улучшение дорог и расчистка от грязи кабульских базаров.
Летом 1869 г. в Герат приехал персидский посланник, мнимой целью которого было поздравить эмира с его победами и передать дружеские уверения. На самом деле его реальной целью было узнать, что произошло в Амбале, и выявить взгляды эмира в отношении Персии, особенно Систана. Во время своего пребывания в Кабуле посланник вручил Якубу дружеское письмо от принца-правителя Хорасана вместе с подарком – двухстволкой. Шир-Али отнесся к посланнику прохладно, дал ему небольшую денежную сумму и отпустил его с дружеским, но официальным письмом к принцу-правителю в Мешхед.
В тот же год эмир Бухарский в сопровождении Исхак-хана – сына Азим-хана во главе сильного войска пошел к Оксу, чтобы подавить восстание своего сына Абдумалика. Этот принц, который попытался начать джихад против русских вопреки желанию своего отца, вскоре после этого отправился в Тактапул, где по указанию Шир-Али его с почетным эскортом сопроводили в Кабул. По его прибытии в окрестности столицы вместе с восьмьюдесятью приверженцами эмир устроил принцу (его описывают как молодого человека восемнадцати лет, небольшого роста и спокойного) торжественный прием. Тот, очевидно, заметил, что если бы знал о хороших отношениях принимающего его хозяина с английскими властями, то не обратился бы к нему за помощью.
Шир-Али воспользовался ситуацией и написал уполномоченному в Пешаваре, что ввиду ущерба, нанесенного Афганистану из-за действий эмира Бухары, подстрекавшего афганских беженцев к нападениям, и продвижения русских к Чарджоу и Кирки он предлагает оккупировать эти города. В полученном ответе говорилось, что британские власти, считая его полностью вправе оказывать максимальное сопротивление иностранной агрессии, не могут одобрить акты агрессии, предложенные эмиром. В письме подчеркивалось, что эмир Бухары – союзник России, а эта держава состоит в дружеских отношениях с Великобританией.
Принц Абдумалик упорно убеждал Шир-Али напасть на Бухару, но, встретив решительный отказ, покинул Кабул и 1 ноября переправился назад через Окс.
В это время сын Азим-хана Исхак-хан набрал в свой отряд некоторое количество туркменов, переправился через Окс и напал на город Акчу. Местные джезайлчи подожгли склад боеприпасов в этом городе, а затем переметнулись к врагу вместе с туркестанской конницей. Затем Исхак пошел на Балх, но был разгромлен под этим городом Мир-Аламом – правителем, назначенным Шир-Али, и бежал за Окс. В этот период из-за большого количества офицеров и рядовых, ранее служивших Абдуррахману, существовала постоянная опасность бунта в афганской армии, особенно среди артиллерийских офицеров. С другой стороны, в ноябре в Кабул пришла весть о том, что эмир Музаффар недоволен Исхаком, прекратил выплату ему денежного содержания и запретил ему появляться при дворе.