9. Мухаммед Хасан, 25 лет
10. Мухаммед Хусейн, 23 года
Д. 11. Ахмед, 30 лет, служил Афзалу
12. Мухаммед Заман, 25 лет, служил Афзалу
Гулам Хайдар, который ранее был назван наследником престола и вел переговоры с Лоуренсом, умер в 1858 г., и тогда эмир уведомил вице-короля, что он назначил Шир-Али своим преемником. Причиной его выбора Шир-Али, а не старшего сына Афзала вполне могло быть то, что мать Афзала не была представительницей королевского племени. Как уже говорилось, Дост Мухаммед сам сильно страдал от аналогичной неправоспособности и предпочел избрать своим наследником сына с самыми высокими правами по рождению. Во всяком случае, как мы видели, Афзал повел себя некорректно, когда командовал войском у стен Газни в 1839 г.
Сразу же после смерти отца Шир-Али объявил о своем вступлении на престол лорду Элджину, который оттягивал официальное признание нового эмира, так как до него дошли слухи, что его братья могут оспорить у него трон. Ввиду дружеских отношений, которые в последнее время поддерживались с Дост Мухаммедом, эта отсрочка, которая определенно представляла собой отказ, заслуживала сожаления. Лорд Элджин умер осенью 1863 г., и лишь спустя шесть месяцев после получения письма от Шир-Али сэр Уильям Денисон, который был временно исполняющим обязанности генерал-губернатора, дал ему холодный официальный ответ.
Получив признание, эмир спросил, может ли его сын Мухаммед Али официально считаться его наследником. А еще он попросил подарить ему 6000 мушкетов. Эти просьбы были получены новым вице-королем Лоуренсом, который согласился признать Мухаммеда Али официальным престолонаследником, но отказался снабдить эмира мушкетами. Приблизительно в это время к Шир-Али приехал посланник из Персии, и эмир, поняв, что нет надежды на помощь от англичан, принял его с подчеркнутым уважением.
Спустя три месяца, в апреле 1864 г., Шир-Али, возможно или вероятно, из-за холодности вице-короля столкнулся с серьезным восстанием двух своих старших братьев. Разгромив Азима силами своей армии под командованием генерала Мухаммеда Рафика, он перешел через Гиндукуш и вступил в бой с армией Афзала в ущелье Баджга. После ничего не решающего боя Афзал запросил мира и был возвращен править в свои владения. Но прежде чем Шир-Али покинул Афганский Туркестан, он узнал, что сын Афзала Абдуррахман, которого он призвал к себе, бежал через Окс. Тогда Шир-Али приказал заключить в тюрьму Афзала и назначил сына умершего Акбар-хана Фаттех-Мухаммед-хана правителем этой провинции. Решив таким образом вопрос с управлением Афганским Туркестаном, он с победой возвратился в Кабул.
Весной 1865 г. подняли восстание родные братья Шир-Али Мухаммед Амин и Мухаммед Шариф. Две армии вступили в бой в окрестностях Калата, который закончился разгромом восставших. В ходе сражения Мухаммед Али, наследник престола, участвовал в одном бою вместе со своим дядей Мухаммед Амином, в котором оба они получили сабельные ранения. Затем дядя убил своего племянника выстрелом из пистолета и сам был отправлен на тот свет солдатами Мухаммеда Али; оба родственника упали в нескольких шагах друг от друга. Труп Мухаммеда Амина принесли Шир-Али, который воскликнул: «Выбросьте тело этой собаки, и пусть мой сын придет и поздравит меня с этой победой!» Вскоре после этого его слуги, не осмелившиеся сказать ему, что его сын тоже убит, молча принесли его тело. «Что это за еще одна собака?» – воскликнул эмир, но, узнав правду, разодрал на себе одежды и посыпал голову пылью. Несмотря на непомерное горе отца, потерявшего своего наследника, Шариф-хан, который запросил мира, получил прощение, а Азим-хан бежал на территорию, подконтрольную англичанам, где продолжал строить козни против эмира.
На протяжении нескольких месяцев после трагедии Шир-Али был словно помешанный, безразличный ко всему вокруг него. Все это выглядело как конец правления эмира, и, ободренный таким развитием событий, Абдуррахман переправился через Окс, а после его прибытия в Афганский Туркестан к нему присоединились войска, которые ранее служили под его командованием. Ему также оказала помощь войсками и деньгами Бухара, и он пошел на Кабул, назвавшись эмиром. Это вторжение вызвало настоящий ужас, так как Шир-Али отказался возвращаться в столицу с ее слабым гарнизоном, солдаты которого долго оставались без жалованья.