Мухаммед Акбар-хан дал на Коране братскую клятву вождю гильзаев Мухаммед Шах-хану, который после его кончины заявил права не только на его имущество, но и его вдов и пост визиря. Дост Мухаммед в конце концов утихомирил последовавший за этим бунт и назначил своего сына Голам Хайдара своим бесспорным наследником и визирем. Второй мятеж гильзаев также был подавлен.
Зимой 1845 г. Акбар отправил 500 всадников на помощь сикхам, но 10 февраля 1846 г. англичане выиграли сражение при Собраоне и вошли в Лахор как завоеватели.
На протяжении многих лет сикхи предлагали возвратить Пешавар афганцам, если Дост Мухаммед поможет им в борьбе с англичанами. В 1848 г., когда они вступили во Вторую сикхскую войну, он был вынужден уступить народным требованиям. Он завладел Пешаварской равниной и пошел в наступление на Атток, который удерживал полковник Герберт; тот в конечном итоге был вынужден сдаться.
Довольный возвращением ему Пешавара, эмир не продемонстрировал желания продолжать помогать сикхам, но, поддавшись давлению вождей, отправил отряд конницы численностью около пяти тысяч человек для участия в битве за Гуджарат, которая состоялась 21 февраля 1849 г. Афганцы напали первыми и были встречены английской кавалерией, которая не только разгромила их, но и преследовала их по перевалам. Сам Дост Мухаммед едва спасся благодаря быстроте своего коня и возвратился в Кабул, разгромленный и униженный. Все надежды на возвращение Пешавара были потеряны навсегда, так как он понял, что Гуджарат был окончательным – сокрушительным поражением сикхов и что англичане оккупируют их царство.
В 1850–1855 гг. Дост Мухаммед постепенно отвоевал Балх, Хульм, Кундуз и Бадахшан и назначил своего старшего сына – сердара Афзала править этими провинциями, которые стали неотъемлемой частью его владений.
Одной из самых серьезных проблем эмира было ожесточенно враждебное отношение Кохандил-хана к Яр Мухаммеду, правителю Герата. В августе 1855 г. этот подстрекатель умер, и эмир по просьбе Рамдил-хана, который поссорился с сыном умершего, лично пошел с войском на Кандагар. Несмотря на сильное сопротивление народа, который муллы подстрекали начать джихад против так называемого союзника англичан, он присоединил Кандагар к своему царству.
И снова мы должны вернуться к Герату. Яр Мухаммед умер в 1851 г., и его преемником стал его слабоумный сын Саид Мухаммед, который с намерением укрепить свое положение начал переговоры с Персией. Эти действия вызвали неудовольствие английских властей, которые вели переговоры с Персией на предмет заключения договора, по условиям которого эта держава «обязывалась ни в коем случае не посылать войска на территорию Герата, за исключением ситуации, когда на него нападут войска извне».
Шаху и его визирю не нравился этот договор, который они были вынуждены подписать. Последний излил свою злость на английского посланника по пустяковому поводу, и из-за этого оскорбительного выпада визиря посланник разорвал отношения и в конце 1855 г. покинул Тегеран.
Угрожающая позиция Персии по отношению к Герату снова привела к установлению дружеских отношений эмира с Великобританией, и в 1854 г. он отправил своего сына Гулам Хайдара вести переговоры с сэром Джоном (позднее лордом) Лоуренсом в Пешаваре. Была заключена договоренность о взаимном уважении территорий эмира и Ост-Индской компании, а эмир обязался быть «другом ее [Ост-Индской компании] друзей и врагом ее врагов». Это обязательство положило конец двенадцатилетней вражде и недоверию, которые оставила после себя Первая англо-афганская война.
Персидский визирь сначала тревожился, что англичан возмутит его непростительный поступок, но, не получив никаких сообщений из Лондона в течение нескольких месяцев после разрыва отношений, он с оптимизмом стал думать, что не будут предприняты никакие действия. Затем весной 1856 г. он отдал приказ персидской армии выступить на Герат, где ее радушно встретил Мухаммед Юсуф – сердар из рода Садозаев, который приказал умертвить Саида Мухаммеда, чтобы отомстить за кровь Камрана, и занял его место. Позднее против персов, чья тирания вызвала народное возмущение, поднялось восстание, но в октябре 1856 г. персы окончательно завладели Гератом.