В свое время Дост Мухаммед принял это предложение. Под охраной он был сопровожден в Шикарпур и официально освобожден. Однако сначала он поехал в Лахор, где его с помпой принял Шир Сингх, который теперь был махараджей Пенджаба. Там он узнал, что, как только англичане перебрались через Инд, Акбар вновь появился в Кабуле и сверг Шапур-мирзу – младшего сына шаха Шуджи. Еще он узнал, что сторонники Земан-шаха напали на Акбара, который отступил в крепость Бала-Хиссар и оказался в осаде.
Оценив ситуацию, Дост Мухаммед немедленно послал четырех своих сыновей – Мухаммед Афзала, Мухаммед Акрама, Мухаммед Азима и Голам Хайдара в Кабул, где они сумели освободить своего осажденного брата. Приехавшего вскоре Дост Мухаммеда жители Кабула радушно приветствовали как своего эмира. Он был в изгнании три года. Приблизительно в это же время Кохандил-хан возвратился в Кандагар из Персии и снова стал независимым правителем.
Дост Мухаммед назначил Акбара на должность визиря, но вскоре понял, что его влияние как лидера борьбы против ненавистных англичан и его честолюбивые замыслы заново создать Афганскую империю в ее прежних границах могут вызвать проблемы. Эмир многое узнал во время своего пребывания в Индии, но его широкие взгляды не были популярны среди фанатичных и консервативных афганцев, в то время как завоевание Синда англичанами в 1843 г., естественно, обострило антибританские настроения, так как оно разрушило все надежды на отвоевание этой далекой провинции, входившей в империю Ахмад-шаха.
Вернемся к положению в Герате. После отъезда Тодда из этого города в марте 1841 г. ничем не сдерживаемый Яр Мухаммед принялся отнимать имущество, пытать и обращать людей в рабство по своей прихоти. Он также планировал схватить и ограбить своего владыку.
Заподозрив такие намерения, шах Камран внезапно захватил цитадель в надежде на то, что население встанет на его сторону. Здесь его постигло разочарование, и, выдержав пятьдесят дней осады, он был вынужден сдаться. Бесчестный визирь сумел захватить драгоценные камни, которые шах Махмуд вынул из короны и привез в Кабул, а также богатства Камрана, оцениваемые суммой 240 тысяч фунтов. Но там остался еще расшитый драгоценными камнями камзол, оцениваемый в 160 тысяч фунтов, который шах Камран доверил одной из своих жен, а та, в свою очередь, передала верному слуге, чтобы тот отвез его в Хорасан. Яр Мухаммед пытал несчастную женщину, но не смог вытянуть из нее тайну. Тогда он раздал молодых женщин своим приверженцам, а тех, что постарше, продал в рабство, включая четырех дочерей Камрана. В начале 1842 г. по его приказу шах Камран был задушен в темнице.
В 1846 г. Акбар-хан вопреки желаниям эмира подготовился к вторжению в Кандагар под тем предлогом, что Кохандил-хан разжигал беспорядки в Кабуле. Для того чтобы укрепить свое положение, он женился на дочери Яр Мухаммеда и устроил брак сына Яр Мухаммеда с одной из своих двоюродных сестер.
Кохандил-хан был разгневан этим новым союзом, который поставил его между двух огней, и совершил налет на провинцию Герат. Однако Акбар-хан пресек такое развитие событий, быстро выступив во главе конного отряда численностью 800 человек. Но прежде чем эта гражданская война начала развиваться, он был внезапно отозван в Кабул эмиром, приказы которого его сильно возмущали.
К концу 1846 г. Акбар и Яр Мухаммед написали совместное письмо Мухаммед-шаху, в котором указывали, что англичане завоевывают всю долину Инда, и умоляли его заключить с ними союз против общего врага. Гонцы, прибывшие с письмом, были хорошо приняты, и шах послал Дост Мухаммеду и Акбару сабли, украшенные драгоценными камнями и узорами.
Неугомонный сын Дост Мухаммеда по-прежнему был полон решимости напасть на Кохандил-хана в союзе с Яр Мухаммедом. Дост Мухаммед, который был против гражданской войны, под угрозами Акбара покинул Бала-Хиссар и нашел себе убежище в войске кы-зылбашей. Акбар потребовал, чтобы они выдали ему его отца, и, вероятно, пошел бы на крайние меры, когда внезапно был отравлен своим врачом-индусом. Его смерть позволила Дост Мухаммеду вернуть себе всю полноту власти в Кабуле.
Захватив верховную власть в Герате, Яр Мухаммед распространил свою власть на маленькие узбекские ханства на севере, Майману, Сыр-и-Пул, Шибарган, Андхой и Акчу. Он также напал на хазарейцев и переселил 8000 их семей в безлюдную долину Хари-Руд. В конечном счете он начал войну с узбеками Балха, но был вынужден отступить, получив весть о бунтах в Фарахе и Бакве, спровоцированных Кохандил-ханом.