Потомки Чагатая, образовавшие наименее выдающуюся династию, основанную сыновьями Чингисхана, все еще правили в Трансоксиане в середине XIV в., когда на исторической сцене Центральной Азии впервые появился Тимур. В 1345 г. Казан-хан – правитель западной части улуса Чагатая – своей жестокостью спровоцировал бунт и после долгой борьбы был свергнут знатью под предводительством некоего эмира Казагана, который правил через марионеток-ханов до самой своей смерти в 1357 г. Преемником стал его сын Абдулла, который влюбился в жену хана-марионетки Баян-Кули, казнил несчастного правителя, после чего Амиры под предводительством Баян-Сельдуза и Хаджи-Барласа из Кеша (современный Шахрисабз в Узбекистане) разгромили Абдуллу, и тот исчез с исторической сцены. Баян-Сельдуз взял бразды правления в свои руки, но он был пьяницей, неспособным управлять, и Трансоксиана развалилась на несколько мелких государств, которые постоянно воевали друг с другом.
В 1360 г. правитель улуса Джете или Могулистана Тоглук-Тимур-хан, поняв, что в Трансоксиане царит анархия, решил присоединить ее к своим владениям. Он пошел войной на Кеш, и Хаджи-Барлас, неспособный противостоять монгольской армии, бежал в Хорасан, где был убит разбойниками.
Тимур, имя которого означает «железо», родился в Кеше в 1336 г. Он был сыном эмира Тарагая – вождя Гурганской ветви тюркского племени барласов – и племянником Хаджи-Барласа. Он утверждал, что по материнской линии является Чингизидом.
В юношеском возрасте он поступил на службу к эмиру Казагану и отличился там как на поле боя, так и на заседаниях совета. Подобно Александру Македонскому, он был известен своей храбростью, ловкостью и выносливостью при загоне дичи. Молодой воин сопровождал Хаджи-Барласа, когда тот спасался бегством, но перед переправой через Окс получил разрешение предложить свои услуги Тоглук-Тимур-хану.
Вот что написано в сочинении «Тарих-и-Рашиди» о Тимуре:
Тоглук-Тимур-хан, вторжение которого было успешным, принял Тимура с уважением и назначил его правителем Кеша.
В 1361 г. хан назначил своего сына Ильяс-ходжу правителем Самарканда, а Тимура – его советником. Однако некий эмир Бегджит получил высшую власть, и Тимур, сочтя свое положение невыносимым из-за постоянных интриг, решил бежать из Самарканда.
Когда молодой вождь в сопровождении своей героической жены направлялся в сторону пустыни, его преследовали по пятам, но он победил своих врагов, несмотря на их численное превосходство. В то время он лишь с горсткой сторонников объединил свои силы с силами своего зятя (или шурина) – эмира Хусейна, внука эмира Казгана, который, потерпев недавно поражение от Тоглуг-Тимура, тоже скитался среди дикой природы. Они попросили защиты в Хорезме, но его правитель попытался схватить беженцев, однако те скрылись в пустыне, где позднее были взяты в плен каким-то туркменом, от которого с трудом сбежали.
В 1363 г. во время скитаний в Южном Афганистане к Тимуру обратился за помощью Джелал ад-Дин Мухаммед – правитель Систана, подданные которого подняли восстание. Двое эмиров охотно приняли приглашение и быстро захватили три из семи укреплений, удерживаемых повстанцами, которые сказали своему правителю, что если Тимур захватит и другие крепости, то Систан будет его, и они предложили соединить свои силы с силами правителя и изгнать захватчиков. Приняв этот разумный довод, Джелал ад-Дин напал на Тимура, и, хотя этот воин прорвал центр систанской армии, он был ранен стрелой в ногу, навсегда оставшись хромым, из-за чего получил прозвище Тимур
Двое союзников собрали в то время значительное количество людей и, дойдя до Кундуза в Северном Афганистане, победили в сражении с армией улуса Джете благодаря тому, что разожгли огромное количество костров в тылу своего врага на вершинах гор, которые были приняты за бивачные костры неизвестного войска и вызвали панику. Благодаря этой победе в так называемой битве у Каменного моста Тимур вновь завладел Кешем, где к его знаменам присоединились тысячи местных жителей.
Тоглук-Тимур умер приблизительно в это время, и Ильяс, направлявшийся на родину в Могулистан, чтобы взойти на трон, снова потерпел поражение от союзников, которые оккупировали Самарканд. Однако в 1365 г. ситуация изменилась, и союзники были разгромлены в Грязевой битве и оказались осажденными в Самарканде Ильясом. В этом случае монгольский монарх был вынужден снять осаду из-за падежа коней, вызванного эпидемией.