Тохтамыш неблагоразумно продемонстрировал неуважение Тимуру, который провел против него две войны. В 1391 г. победил Тохтамыша в битве на реке Кондурче, а во втором военном походе окончательно разгромил его в битве у реки Терек в 1395 г., разрушив власть Золотой Орды.
Между двумя войнами с Тохтамышем Тимур снова вторгся в Персию. Идя через Казвин, Буруджирд, Дизфуль и Шустер, он направился в Шираз. По пути он захватил Кала-и-Сафид, прославленный своей связью с Рустамом, который в свое время завладел им хитростью. За Ширазом его внезапно атаковал героический шах Мансур из династии Музаффаридов, совершивший нападение на армию Тимура во главе нескольких тысяч одетых в доспехи всадников, и даже дважды ударил императора по шлему. В конечном итоге он был убит Шахрухом – знаменитым сыном Тимура, который бросил его голову к ногам своего властелина, воскликнув: «Пусть головы всех твоих врагов лежат у твоих ног, как голова гордого Мансура!» Принцы-Музаффариды, за исключением двоих, ослепленных своими родственниками, были казнены. Гиббон заметил: «Тимур показал, как высоко ценит храбрость врага, истребив всех мужчин этого бесстрашного рода».
Среди малозначительных династий, возникших после распада империи Ильханов, была династия эмира Хусейна Джалайра, который был женат на дочери Аргуна. При его преемниках Ирак был оккупирован, Багдад снова стал столицей, а Азербайджан добавлен к владениям этой династии. На момент вторжения Тимура правящий султан Ахмед, осознавая свою слабость, бежал в Египет, но его сыновья, некоторые жены и несметные богатства были захвачены отрядом, посланным ему вдогонку, а тем временем был взят Багдад.
Следующим подвигом Тимура стал захват Тикрита – крепости Хасана, известного разбойника, которая была построена на неприступной скале и считалась неуязвимой. Однако по приказу Тимура 70 тысяч человек настолько успешно сделали подкоп под этой скалой, что, когда были подожжены опоры, многие из самых крепких башен упали. После этого Хасан отступил во внутреннюю цитадель, под которую тоже был подведен подкоп, и она была захвачена. Император отдал защитников крепости своим воинам, чтобы те запытали их до смерти. На следующий год великий завоеватель продолжил свои войны, совершив победоносный марш-бросок через Кипчакскую степь к сердцу Руси. Позднее он разграбил Астрахань и, укрепив свою власть на Кавказе, вернулся в Самарканд.
Вопрос о войне в Индии Тимур обсуждал со своими князьями и военачальниками, которые были против этого плана ввиду масштабности предприятия и огромного расстояния. Однако в Коране было найдено благоприятное знамение, и стих «О, пророк, борись с неверными и безбожниками» заглушил все возражения.
Целью императора было не завоевание, а внезапное нападение и разграбление; при этом воодушевление крепло от чувства, что борьба с идолопоклонниками-индусами делает его воинов гази – победоносными. В это время в Северной Индии не было авторитетной центральной власти: царь Махмуд – сын Мухаммеда и внук Фируз-шаха из династии Туглаков был всего лишь марионеткой в руках Маллу-хана (брат Саранг-хана) и регента Мукарраб-хана.
В Афганистане Пир-Мухаммед, сын Джахангира (который умер в 1375 г.), был правителем Кундуза, Кабула, Газни и Кандагара с их зависимыми территориями. Он получил приказ от Тимура идти в Индию. Вот как об этом написано в «Зафан-наме»: «Они начали с грабежа афганцев – жителей, страну которых полностью разорили. Они миновали Инд, окружили Ух и осадили Мултан, в котором тогда правил принц Саранг – старший брат Маллу-хана, который правил индийской империей за юного султана Махмуда». Было послано индийское войско, чтобы снять осаду с Уха, но Пир-Мухаммед разгромил его и преследовал до самого Мултана, который был взят в мае 1398 г.
Тимур покинул Самарканд весной и переправился через Окс по понтонному мосту в Термезе. Затем он пошел на Андераб. Получив жалобы на поборы и грабительские налеты сиах-пушей, или «тех, кто в черном», как называли кафиров-горцев, он повел войско в их владения. Из-за глубокого снега и ввиду того, что «неверные обитали в узких ущельях и на обрывах и не было дорог, чтобы добраться до них», экспедиция не стала полностью успешной: один отряд попал в засаду. Однако Тимур, захвативший одну знаменитую крепость, приказал поставить мраморную колонну с надписью, повествующей об этом военном походе.
Перед уходом из Бадахшана император отпустил Шахруха выполнять свои обязанности правителя в столице Хорасана Герате, а затем перешел через Гиндукуш в Кабул и, совершая по дороге грабежи, дошел до Инда в том же самом месте, в котором Джелал ад-Дин переплыл эту реку.