Обеспечивать проведение тематических научных исследований, разрабатывать положения, по культивированию, производству, изготовлению, распределению, хранению и исследованию растений, веществ и препаратов, содержащих наркотические, ядовитые, психотропные вещества, сырья и материалов.
Объявлять списки наркотических средств, психотропных и ядовитых веществ в соответствии с Конвенциями ООН 1961, 1971 и 1988 годов и международными классификациями, при необходимости вносить изменения и разъяснения по спискам.
Разрабатывать с учетом специфики Кыргызстана критерии и размеры
наркотиков, психотропных и ядовитых веществ, незаконное обращение с
которыми влечет административную или уголовную ответственность,
организовывать плановые и внеочередные инспекции аптек, складов и т.п.
Первым делом пришлось заняться поиском средств на проведение профилактических, организационных мероприятий (помощь лечебным учреждениям, семинары, конференции, издательская деятельность, поддержка научных исследований). На бюджетное финансирование не приходилось рассчитывать из-за скудости выделяемых средств. Решено было создать Государственный фонд по борьбе с распространением наркомании (ГФБРН). Постановление правительства от 12 января 1994 года обязало Министерства юстиции и внутренних дел, Верховный суд и Генеральную прокуратуру Кыргызской Республики передавать ГФБРН для дальнейшей реализации имущество, конфискованное или обращенное в собственность государства по приговору суда у лиц, осужденных за наркопреступления. 50% от их реализации планировалось перечислять в республиканский бюджет, другую же половину использовать на нужды Госфонда. Сюда же планировалось частично перечислять суммы штрафов, наложенных на должностных лиц и граждан за правонарушения, связанные с наркотическими средствами и наркосодержащими растениями. Эти штрафы налагались в основном на руководителей организаций, предприятий, коммерческих структур, неудовлетворительно выполнявших Постановление правительства республики "Об уничтожении зарослей конопли".
Предусматривалась также возможность пополнять Фонд за счет добровольных взносов граждан, учреждений и организаций, иностранных юридических и физических лиц, международных организаций. Поощрялась также и хозяйственная деятельность ГФБРН, который, к сожалению, не смог выполнить возлагавшихся на него надежд из-за неурегулированности многих законодательных вопросов, отсутствия должной инициативы организаторов.
С ГККН активно сотрудничала и Кыргызская республиканская организация международной ассоциации по борьбе с наркоманией и наркобизнесом (КОМАБНН), созданная незадолго до образования Госкомиссии. Учредителями КОМАБНН выступили МВД и Минздрав республики, газета МВД "Бетме-Бет" ("Лицом к лицу"), санаторий "Кыргызское взморье", Центр народной медицины и другие. Наряду с широкой профилактической деятельностью, в том числе с использованием возможностей средств массовой информации, подготовкой и участием в международных антинаркотиковых форумах, Кыргызская организация международной ассоциации по борьбе с наркоманией и наркобизнесом, в строгом соответствии со своим Уставом, занималась и охранной деятельностью, готовила на своей базе частных детективов и телохранителей. Полученная прибыль вкладывалась в организацию практических мероприятий по борьбе с наркобизнесом. Так, например, КОМАБНН были приобретены аптечки для служебного транспорта СБН МВД, застрахованы на случай ранений и смерти сотрудники центрального аппарата.
В мае 2000 года КОМАБНН совместно с МВД республики и Фондом "Сорос-Кыргызстан" был подготовлен и на базе Академии МВД проведен вызвавший большой общественный резонанс международный коллоквиум "Афганский наркотрафик и проблемы национальной безопасности государств Центральноазиатского региона". В его работе приняли участие представители государств Центральной Азии, России, Монголии, Хорватии, Азербайджана, Афганистана, Украины, ОБСЕ, Программы развития ООН, Британского Союза, ТАССИСа, Европейского Центра по изучению проблем безопасности Международного фонда имени Джорджа Маршалла, Медицинского центра доктора Назаралиева, известные ученые, общественные деятели Кыргызстана. По результатам коллоквиума выпущен аналитический сборник. Широко обменявшись опытом противодействия афганскому наркотрафику, представляющему прямую угрозу для мировой цивилизации и национальной безопасности стран Центральноазиатского региона, участники коллоквиума выработали и приняли "Рекомендации", используемые в деятельности как силовых структур, так и международных общественных организаций.
В 1994 году Государственная Комиссия по контролю наркотиков при правительстве Кыргызской Республики при поддержке КОМАБНН первой в Центральноазиатском регионе издала массовым тиражом на русском языке тексты антинаркотиковых Конвенций ООН 1961, 1971 и 1988 годов, которые направила во все органы внутренних дел республики и коллегам из ближнего зарубежья.