Серьезное внимание ГККН уделяла и проблеме уничтожения главной сырьевой базы наркомании - дикорастущей конопли. Ею было в 1996г. разработано "Положение о специализированных хозрасчетных бригадах по уничтожению дикорастущей конопли." Этот вид работ был включен в утвержденный правительством перечень оплачиваемых общественных работ. Такой подход позволил предоставить сезонную работу свыше 2000 безработных, начать под контролем милиции массовое уничтожение сорняка. Министерство труда и социальной защиты, Главное управление занятости населения поддержали предложения ГККН, разработали для акимов, начальников областных Управлений внутренних дел и занятости населения детальный механизм формирования и системы оплаты хозрасчетных бригад. Эта добрая инициатива, к сожалению, оказалась временной и через два года практически заглохла, поскольку в те годы института представителей Госкомиссии на местах не существовало, и инициировать создание хозрасчетных бригад на местах оказалось некому. Позднее, когда институт представителей Государственной комиссии по контролю наркотиков на местах был создан, весьма нужное начинание оказалось уже забытым.
Серьезным вкладом ГККН в реализацию антинаркотиковой стратегии Кыргызстана стала разработка предложений в Организацию Объединенных Наций о понижении спроса на наркотики, предусматривающего открытие реабилитационного центра для наркоманов; об уничтожении сырьевой базы гашишной наркомании зарослей дикорастущей конопли - в Чуйской, Ферганской, Кетмен-Тюбинской долинах, в Прииссыккулье после предварительного картирования мест ее произрастания. Оба документа были разработаны Госкомиссией совместно с учеными, специалистами Минздрава, Минсельхоза, Национальной Академии Наук и предложены Международной программе ООН по контролю за наркотиками. На этой основе Программа ЮНДКП разработала международный проект по картированию мест произрастания наркосодержащих растений в Кыргызстане, Таджикистане и Казахстане, выделив на его реализацию около 1 миллиона долларов США. При этом были учтены все предложения и потребности кыргызской стороны. Проект начал реализовываться в декабре 1996 года, им подготовлены подробные карты мест произрастания наркотикосодержащих растений (конопли, эфедры, опийного мака) во всех трех странах участницах проекта. Их применение повышает эффективность работы правоохранительных органов по пресечению сбора и изготовлению наркотиков, Минсельхоза и других заинтересованных министерств и ведомств - по их целенаправленному уничтожению.
Помимо тесных рабочих контактов с Международной Программой ООН, Государственная комиссия при правительстве Кыргызской Республики по контролю наркотиков установила тесные деловые контакты и с рядом международных и национальных антинаркотиковых организаций Европы и США, Израиля, Ирана. Такие контакты обеспечили поступление аналитических материалов, широкий обмен опытом антинаркотиковой деятельности, позволили принимать участие в международных форумах.
Рост наркоэкспансии из Афганистана в Россию через южный регион Кыргызстана побудил ГККН обратиться к российским коллегам с предложением выработать "тактику на опережение": осуществлять вахтовым методом совместные дежурства на досмотровых постах с использованием специальных, обученных на отыскание наркотиков, собак; применении вертолетов для выявления наркотрафикантов на горных, труднодоступных тропах. Инициатива была поддержана, в конце 1994 года был разработан проект Соглашения о сотрудничестве с Россией в борьбе с наркотизмом.