По инициативе Госкомиссии из числа специалистов силовых структур была также сформирована экспертная группа для выработки предложений по выявлению и перекрытию каналов проникновения афганского опия в Кыргызстан по трассе Хорог - Ош, детально обследовавшая горно-бадахшанское приграничье. 16 сентября 1994 года председатели ГККН и Комитета Национальной безопасности, силовые министры, директор Гостаможни и Командующий группой пограничных войск Российской Федерации в Кыргызстане впервые вместе облетели кыргызский участок трассы, уточнили дислокацию контрольно-пропускных пунктов, количество дежурных смен, наличие оборудования. Подобные облеты в дальнейшем стали регулярными. Полученные наблюдения были обобщены и внесены ГККН на рассмотрение республиканского Совета Безопасности. По результатам рассмотрения был издан Указ Президента Кыргызской Республики от 21 ноября 1995 года " О неотложных мерах по усилению борьбы с незаконным оборотом наркотиков", который в целях перекрытия каналов поступления наркотиков по памирскому тракту из Афганистана и пресечению их дальнейшего распространения в странах ближнего и дальнего зарубежья представил группе пограничных войск Российской Федерации в Кыргызской Республике (ГПВ РФ) право ведения оперативно-розыскной деятельности по вопросам борьбы с незаконным оборотом наркотиков в зоне пограничного контроля на памирском направлении во взаимодействии с Государственным Комитетом Национальной безопасности Кыргызской Республики. Указ обязал республиканские хозорганы выделить ГПВ РФ два сборных щитовых дома и 12 блоксекций для вновь создаваемых пограничных застав и постов, а также четыре самолета АН-2.
Анализ многочисленной информации, систематически проводимый сотрудниками Государственной комиссии совместно с офицерами Управления по борьбе с наркобизнесом МВД, все больше убеждал, что основная наркоугроза исходит из Исламского Государства Афганистан, где производство наркотиков к середине 90-х годов приобрело характер наркоэкспансии. С этой целью ГККН обратилась в Международную Программу ООН по контролю наркотиков (ЮНДКП) с предложением провести несколько совместных семинаров на уровне руководителей, оперативных работников правоохранительных, силовых структур, органов здравоохранения по актуальным вопросам антинаркотизма в Центральной Азии. Первый такой семинар для работников среднего звена "Региональное сотрудничество правоохранительных органов в области контроля за оборотом наркотиков" прошел в Бишкеке 1-5 апреля 1996 года. В нем приняли участие начальники управлений по борьбе с организованной преступностью, управлений по борьбе с наркобизнесом МВД всех Центральноазиатских республик, России, а также официальные представители правоохранительных структур и таможенных служб Великобритании, Канады, Турции, Германии, Дании, Пакистана, Норвегии, Шри-Ланки. Участники форума высказали оригинальные предложения по разным аспектам борьбы с незаконным оборотом наркотиков, а в ходе дискуссий, носивших откровенный характер, были подробно рассмотрены как общие подходы к развитию наркоситуации в регионе, так и ориентиры на будущее.
10-12 июня 1996 года по инициативе ГККН под эгидой Бюро по демократическим институтам и правам человека (БДИПЧ) и Организации по безопасности и сотрудничеству в Европе (ОБСЕ) в Бишкеке прошел субрегиональный семинар "Наркотики и преступность: новые вызовы". Кроме представительных делегаций государств Центральной Азии, в работе семинара участвовала директор БДИПЧ - Посол ОБСЕ Олдри Гловер, ответственные лица из Департамента по предотвращению оргпреступности и уголовному правосудию ООН, Совета Европы, Интерпола, Всемирного Банка. В качестве наблюдателей в семинаре участвовали сотрудники антинаркотиковых ведомств Азербайджана, Германии, Ватикана, США, России, Италии, Беларуси, Швейцарии. Семинар позволил всесторонне рассмотреть социальные, политические, экономические, законодательные, профилактические аспекты, вытекавшие из Иссык-Кульской Декларации по региональному сотрудничеству республик Центральной Азии (1995 года) и Ташкентского Меморандума о взаимопонимании по сотрудничеству в области борьбы с наркотиками (1996 года). По итогам семинара были выработаны совместные рекомендации, направленные на активизацию борьбы с организованной преступностью, коррупцией, наркобизнесом, криминальными проявлениями в экономике, банковской сфере. Они были призваны оптимизировать деятельность правоохранительных органов, привлечь к ней внимание других органов хозяйственного управления по примеру ряда государств Западной Европы, США. Характерно, что участники семинара всемерно поддержали опыт Кыргызстана в использовании национальных и международных средств массовой информации в обсуждении проектов законодательства, борьбе с организованной преступностью, наркобизнесом. Они также рекомендовали шире использовать в борьбе с наркоманией и наркобизнесом возможности неправительственных международных организаций, фондов, общественных и религиозных формирований.