С 1994 года ГККН регулярно выпускает Информационные бюллетени, Сборники нормативных документов и материалов. В 1994-95 годах ею совместно со специалистами МВД при финансовой поддержке Фонда Фридриха Эберта (Германия) подготовлен цикл телепередач "Наркотикам - бой". Государственной комиссии принадлежала и идея разработки Национальной программы борьбы с наркотизмом в республике, где определялась роль и место каждого ведомства, государственных органов и общественных организаций в борьбе с этим социальным злом. Прецедента в странах СНГ не было, и сотрудники ГККН глубоко изучили исторические аспекты проблемы, творчески проанализировали международный опыт, текущие реалии. Принимая во внимание ряд факторов социально-экономического, геополитического характера, психологию и ментальность населения и даже некоторые климатические процессы, были определены приоритеты и выработана своеобразная антинаркотиковая стратегия Кыргызстана. Ее реализация в дальнейшем позволила заметно активизировать борьбу с наркотизмом, привлечь к ней новые силы.
В июле 1993 года по инициативе ГККН была принята первая Национальная программа борьбы с наркотизмом в Кыргызской Республике на 1993-1995 годы, а следом, с учетом новых реалий, на 1996-1998 годы. В разработке программы принимали участие научные коллективы, министерства, ведомства, а также ведущие специалисты из Международной ассоциации борьбы с наркоманией и наркобизнесом.
В апреле 1994 года, после большой организаторской работы, проведенной сотрудниками Госкомиссии, Кыргызстан первым среди государств СНГ присоединился к трем действующим антинаркотиковым конвенциям ООН, что позволило ему интегрироваться в международный процесс противодействия наркотизму. Событие это, а также вся антинаркотиковая активность республики не осталась незамеченной международным сообществом, побудило Организацию Объединенных Наций оказать ГККН техническую помощь. В мае 1994 года Кыргызстан с официальным визитом посетил заместитель Генерального Секретаря ООН, Исполнительный Директор антинаркотиковых программ ООН Джорджио Джакомелли. Он детально познакомился с деятельностью ГККН, Национальной программой борьбы с наркотизмом и высоко оценил усилия Кыргызстана. "Мы помогаем только тем, кто хорошо делает антинаркотиковое дело сам", буквально заявил Дж.Джакомелли на пресс-конференции 27 мая 1994 года. Он выразил удовлетворение проводимой руководством республики политикой в сфере антинаркотизма, поддержал предусмотренные Национальной программой мероприятия по подготовке кадров, проведению целевых межрегиональных симпозиумов, приобретению технологий и спецоборудования.
Вскоре Государственная комиссия подписала с Международной программой по контролю наркотиков проект об оказании правоохранительным органам республики технической помощи на сумму 500 тысяч долларов США. Были приобретены автотранспорт, средства связи для областных отделов по борьбе с наркобизнесом, оборудование для телестудии Бишкекской высшей школы МВД Кыргызской Республики, широко используемые в деятельности органов внутренних дел республики химические тесты для определения вида изъятого наркотика, приборы, оборудование и химические препараты для проведения химических экспертиз и исследований наркотических веществ Центральной научно-исследовательской лаборатории судебных экспертиз (ЦНИЛСЭ) Министерства юстиции Кыргызстана. Двое ведущих сотрудников лаборатории были обучены проведению новейших исследований в Братиславе.
Во второй половине 1990-х годов проблему для правоохранительных органов республики представляло хранение наркотиков, изъятых из незаконного оборота. Переполненные, плохо оборудованные хранилища при ОВД представляли серьезную опасность, и прежде всего, как возможный источник коррупции.
Учитывая серьезность положения, Госкомиссия вступила в переговоры с шымкентским (Казахстан) химико-фармацевтическим предприятием, чтобы там перерабатывать изъятый из незаконного оборота наркотик. В качестве оплаты за сырье предполагалось получать готовые лекарственные препараты в счет квоты, определяемой республике специальным комитетом ООН (Вена, Австрия). Сотрудники госкомиссии выезжали в Шымкент, встречались со многими уполномоченными лицами Республики Казахстан. Но там предложение ГККН не поддержали, т.к. наладить переработку сырья и производство лекарств экономически выгодно было только при наличии большого, не менее 5 тонн, количества чистого опия, чего Кыргызстан гарантировать не мог. И тогда, с привлечением специалистов других ведомств, Госкомиссией по контролю наркотиков была разработана Инструкция о порядке хранения и комиссионного уничтожения изъятых из незаконного оборота наркотиков, которые с тех пор сжигаются.