Поэма Аполлония представляет собой последовательную обработку всего предания об аргонавтах, от поручения, данного Пелием Ясону, до возвращения корабля Арго в Иолк. Таким образом, по построению своему она приближается не к гомеровскому эпосу, концентрирующему свой материал вокруг одного события, а к «киклическим» поэмам, с их серией эпизодов, объединенных лишь хронологической последовательностью. Также и по размерам своим «Аргонавтика» значительно уступает гомеровским поэмам, не составляя даже половины «Одиссеи». Хотя Аполлоний ставил себе образцом Гомера, он по существу придерживается «киклической» манеры повествования, обновляя ее на александрийский лад. Примитивные моменты старого эпоса, как то: типические места, постоянные эпитеты, повторы, решительно устранены, но сохранен объективный эпический стиль, без сколько-нибудь значительных авторских отступлений. Эллинистический поэт одинаково далек и от широкого охвата действительности, присущего гомеровскому эпосу, и от больших мировоззренческих вопросов, в свете которых аттические драматурги V в. обрабатывали мифологическое предание. Он относится к своему материалу, с одной стороны, как ученый, передающий древние сказания и дополняющий их географическими и этнографическими справками, объяснениями обрядов и наименований; с другой стороны, он обогащает повествование картинами душевных состояний, бытовыми зарисовками, живописными образами и сравнениями. Изображение чувств — вот то новое, что Аполлоний привносит в греческий эпос; однако отдельные части поэмы разработаны в этом отношении весьма неравномерно.
Первые две книги доводят рассказ до прибытия аргонавтов в Колхиду. Во вступлении Аполлоний ставит себе традиционную задачу — «возвестить славу древлерожденных мужей», но как раз в этих книгах особенно заметно отсутствие в поэме единства, центрального героя и внутренней связи между эпизодами, недостаточная драматичность повествования, бледность характеристики отдельных участников похода. Картина резко меняется в третьей книге, которая посвящена любви Медеи к Ясону. Любовь становится движущей силой эпического действия, — в этом нововведении, воспринятом затем в Риме Вергилием, значение поэмы Аполлония для европейской литературы. Третья книга, наименее традиционная и наименее «ученая», является самой интересной частью всего произведения.
Она открывается большой сценой на Олимпе, что у Аполлония бывает сравнительно редко. Гера и Афина, покровительствующие Ясону, отправляются к Афродите и просят ее воздействовать на ее сына Эрота, чтобы он заставил Медею полюбить Ясона. Боги Аполлония сродни богам Каллимаха, и их визит превращается в бытовую сценку. Важные богини, в особенности девственная Афина, чувствуют себя несколько смущенно, обращаясь за содействием к столь легкомысленной особе, как Афродита, а та им сокрушенно сообщает, что ее сорванец Эрот не питает к ней ни малейшего почтения. Впрочем, Эрот, занятый в это время не совсем честным обыгрыванием своего сверстника Ганимеда в костяшки, охотно принимает поручение, за которое ему обещают мяч, и пронзает Медею своей стрелой.
В греческой поэзии любовь наступает внезапно, с одного брошенного взгляда. У Аполлония, однако, стрела Эрота имеет лишь орнаментальное значение; поэт затем подробно описывает, как пробуждается любовь у Медеи и как она постепенно осознает это чувство. Впечатление, произведенное красивым чужеземцем на Медею, ее противоречивые чувства, желание убедить себя, что Ясон для нее безразличен, затем сон, открывающий Медее те затаенные желания, в которых она не решается сознаться себе наяву, борьба осознанной любви со стыдливостью, искание самооправдания, мысль о самоубийстве и конечная победа жизнеутверждающего любовного чувства, — все это представляет собой первую известную нам в греческой литературе попытку психологического анализа любви. В то время как александрийцы обычно ограничиваются описанием некоей любовной ситуации, Аполлоний дает динамику возникновения самого чувства. С неменьшим мастерством проведена сцена свидания, во время которого Медея вручает Ясону волшебное средство. С трудом сдерживаемая влюбленность девушки вызывает у Ясона ответное чувство; он предлагает ей брак, но она не решается еще дать согласие.
Конец третьей книги возвращает нас в область сказки. С помощью зелья Медеи Ясон становится на один день неуязвимым, укрощает огнедышащих быков, засеивает поле зубами дракона; вооруженным великанам, вырастающим из этих зубов, он бросает камень, из-за которого они начинают между собой бой, оставшихся в живых он сражает сам. Эти страшные картины Аполлоний рисует с большим подъемом.