Фукидид прежде всего мыслитель и политик, для которого характерны целеустремленность, максимально доступная для его времени объективность изложения и тщательная проверка всех фактов для установления истины. Свой метод изложения он полемически противопоставляет методу поэта и логографа, подразумевая под первым — Гомера, а под вторым — Геродота. «Быть может, изложение мое, чуждое басен, покажется менее приятным для слуха; зато его сочтут достаточно полезным все те, которые пожелают иметь ясное представление о минувшем, могущем по свойству человеческой природы повторяться когда-либо в будущем в том же самом или в подобном виде. Мой труд рассчитан не столько, чтобы послужить предметом словесного состязания в данный момент, сколько на то, чтобы стать достоянием навеки».
Фукидид — основоположник научной исторической критики и прагматического исторического описания. Задачи исследователя, устанавливающего истину, он предпочитает всему остальному. В отличие от Геродота, простодушного хранителя устной и письменной традиции, переплетающего в своем увлекательном повествовании истину с вымыслом и фантазией, Фукидид всегда ищет прочно обоснованных аргументов. Чуждый геродотовским представлениям о богах, судьбе и чудесах (неслучайно древние называли его учеником Анаксагора) Фукидид обходит традиционные воззрения, хотя мифы воспринимает как историю.
Одна из основных проблем фукидидовского труда — проблема власти. Связывая власть с «неизменными свойствами человеческой природы», он весь исторический процесс выводит из свойств «человеческой природы», подробно анализируя «психологию и патологию» власти. Наивысшим выражением власти он считает военную мощь, которая представляется ему неотделимой от политической власти. Исподволь и с большими историческими экскурсами подходит Фукидид к неизбежному военному столкновению двух соперников — Спарты и Афин. Он четко отделяет частные поводы войны от подлинной ее причины, которая скрывалась в страхе Спарты перед растущей политической и военной мощью афинского государства.
Всегда и во всем Фукидид старается проникнуть в сущность происходящего, он изучает отдельное и частное, чтобы от него перейти к общему.
В соответствии с традициями античной историографии «История» Фукидида является художественным произведением. В речах, делах и событиях раскрывает историк обнаруженную им истину. Особое место занимают у него пространные прямые речи, произносимые правителями, государственными деятелями, полководцами и послами. Продолжая в этом определенную традицию, восходящую еще к эпосу и перенесенную в историографию Геродотом, Фукидид использует речи в качестве основного средства анализа ситуации, отдавая вместе с тем дань модной софистической риторике. «Речи составлены у меня так, — рассказывает он, — как, по моему мнению, каждый оратор, сообразуясь всегда с обстоятельствами данного момента, скорее всего мог говорить о настоящем положении дел. Причем я держался возможно ближе общего смысла действительно сказанного». Речи сосредоточены преимущественно в первых четырех книгах. Самой знаменитой из них по праву считается речь Перикла, произнесенная главой афинского государства на торжественной церемонии погребения граждан, павших в боях за родину. Трудно сказать, насколько отличалась речь Перикла у Фукидида от того эпитафия (надгробная речь), с которым Перикл действительно выступил перед афинянами осенью 431 г. Для Фукидида Перикл воплотил в себе идеальный образ правителя самого лучшего государства, поэтому его речь сделалась апофеозом афинского демократического полиса, о котором, по словам Фукидида, даже противники говорили, что «свою жизнь афиняне отдают за свое государство так, как будто она вовсе не принадлежит им; напротив, свои духовные силы они берегут как неотъемлемую собственность, чтобы служить ими государству». Афины перикловского периода для Фукидида такое государство, где свобода каждого гражданина неотделима от свободы всего коллектива граждан. Возможно, сам Фукидид надеялся, следуя учению софистов, что его произведение поможет кому-нибудь сделаться вторым Периклом и вернуть «школе Эллады» ее утраченное величие.