Тем не менее, противник серьезно обеспокоился началом нового наступления на свои коммуникации и предпринял эффективные меры противодействия, из которых в первую очередь необходимо отметить патрулирование ночных истребителей с РЛС в районе Таллинна. Поскольку именно через этот район пролегал маршрут большинства «охотников» и «минёров», март ознаменовался резким взлетом потерь. 6 марта из полета не вернулся Ил-4 П.А.Колесника, а 26 марта — другого Героя Советского Союза, А.П.Чернышева. Последнюю передачу Чернышев сделал в 21:37, находясь в районе мыса Юминданина, восточнее Таллинна. Вылетевший вслед за ним «Ильюшин» в 23:25 на подходе к бухте Кунда наблюдал падение в воду горящего объекта, а спустя 10 минут — самолет неизвестного типа с включенной фарой. Примерно в тот же час пропали без вести два других «Ила», вылетавших на минирование Таллиннской бухты. В ночь на 7 и утром 17 марта у Таллинна пропали без вести два «Бостона», что также представляется неслучайным. Всего в течение месяца полк лишился семи самолетов и экипажей, в том числе двух, возглавляемых Героями Советского Союза. Необходимо отметить, что при этом за месяц удалось произвести всего три торпедные атаки, ни одна из которых не увенчалась успехом.
Попытку найти выход из наступающего кризиса предпринял командир полка Борзов. Он предложил перенести время атаки с дня на ночь, а обнаружение кораблей противника производить на «лунной дорожке». В ночь на 7 апреля его «Бостон» вылетел на задание. Самолет достиг Рижского залива, обнаружил противника и в 00:37 произвел торпедную атаку. По неподтвержденному донесению жертвой Борзова стал танкер водоизмещением 12000 тонн. О возвращении командира полка на аэродром вспоминает А.В.Пресняков: «Дверь распахнулась. На пороге показался Иван Иванович Борзов. По виду не скажешь, что только сейчас он вернулся из опасного пятичасового полета…
— Можно вопрос? — торопливо вставляет Шаманов. — Вы для начала только скажите, сможем ли мы торпедировать ночью?
— Сможете! Обязательно сможете, — уверенно отвечает Борзов, садись на подставленную скамейку. — Трудности будут, особенно в первых полетах. Сегодня я их ощутил, когда первый раз в темноте с высоты почти к самой воде опускался. Высотомеру верить нельзя — там барометрическое давление атмосферы обязательно отличается от установленного на аэродроме. Вместо моря внизу видна чернота. Поэтому страха по горло, а удовольствия нет. Однако, как видите, смог. И за вас я уверен, что сможете…».
Даже из этого мемуарного отрывка ясно, что ночной поиск и атака требовали достаточно высокой квалификации. В результате в апреле на 37 вылетов состоялось лишь пять торпедных атак. Из них на Ил-4 приходится лишь одна — в 04:00 утра 27 апреля А.З.Большаков обнаружил два вражеских тральщика в районе маяка Поркаллан-Каллбода и торпедировал один из них. В качестве экзотики можно отметить попытку атаковать высотными торпедами суда на таллиннском рейде в ночь на 20 апреля. Один из двух вылетевших «Илов» повернул с полдороги в базу из-за неисправности мотора, второй сбросил торпеду с высоты 400 м, но не заметил после этого никакого видимого эффекта. Единственной потерей полка в течение месяца стал «Ильюшин», пропавший над Нарвским заливом в ночь на 22 апреля.
Установление хорошей погоды и белых ночей с третьей декады мая способствовало резкому расширению района действия торпедоносцев и увеличению числа вылетов. Пилоты полка произвели 19 атак и доложили о 12 потоплениях, из которых на долю «Илов» приходится два. 8 мая в устье Финского залива торпедоносец, пилотируемый капитаном Досовым, атаковал одиночный танкер. Интересно отметить, что впервые на Балтике для стрельбы по одиночной движущей цели применялась циркулирующая высотная торпеда 45-36АВА. Несмотря на крайне малую вероятность достижения успеха, Досов доложил о том, что наблюдал приводнение торпеды, последующее попадание и погружение судна. По всей вероятности, применение высотной торпеды в столь неподходящих условиях объяснялось дефицитом «низких» торпед, поступление которых от промышленности в течение первых трех лет войны практически не было.
27 мая нового успеха добился Большаков, доложивший о потоплении «6000-тонного транспорта» из состава конвоя, обнаруженного им севернее острова Осмуссаар. Один Ил-4 из крейсерского полета не вернулся. После гибели или перевода большинства старого состава 3-й эскадрильи на новую матчасть эффективность Ил-4 как торпедоносца резко упала, в то же время в эскадрильях «Бостонов» набрались опыта молодые кадры. В связи с этим не кажется удивительным, что на 11 успешных докладов в июне на 3-ю эскадрилью снова приходится лишь два — от Большакова, атаковавшего 4-го числа «7000-тонный транспорт» у западного побережья Сааремаа, и старшего лейтенанта Николаенко, «торпедировавшего» на следующий день одиночный транспорт в устье Финского залива. В том же месяце на долю эскадрильи Ил-4 выпала одна из самых необычных акций, имевших место за время войны — удар по плотине на реке Свирь.