Между тем настал день, назначенный для сейма в Праге. Король приказал за своим отсутствием открыть его четырем комиссарам, которые должны были прежде всего потребовать, чтобы сословия уничтожили запись своей общины, как противной земским учреждениям и чтобы распустили свое войско. Сословия дерзко вооружились против земских чиновников и некоторых королевских дворян, остававшихся в Праге, и решили отправить посольство к королю для защиты своей записи, к которой приложено было 1738 печатей. Королевские города исключая Пльзена, Будейовице и Усти присоединились к нему. Но еще до отъезда послов из Праги, пришло известие о великом поражении Фридриха у Мюльберга 24 апреля, в котором сам курфюрст был взят в плен. Чешские сословия были виновниками этого несчастья; ибо надеясь, что их войско соединится с ним, Он слишком долго стоял близ чешских границ, легко был отрезан от императорского войска и принужден был вступить в бой с неравными силами. Известие об этом произвело тотчас большое смятение в сословиях. Прежде всего они изменили содержание своего посольского послания, представив королю, что они распустят войска, если он откажется от других своих требований, относительно уничтожения союзнической записи. Но затем войско сословий разошлось, не дождавшись на это никакого повеления, а сами сословия стали по частям разъезжаться из Праги, чтобы во время отклонить себя от королевского мщения.
Послы нашли императора и короля Фердинанда в лагере у Витемберга, который они в то время осаждали. Фердинанд чрез них снова приказал сословиям, чтобы они уничтожили союзническую запись и чтобы оставили Прагу до собрания нового сейма. И теперь отказались от этого те, которые оставались еще в Праге, наиболее вследствие подстрекательства главных ораторов, боявшихся, что на них обрушится гнев короля если сословия отложатся от союза. Запись союза, как бы в защиту против короля, включена была теперь в земские доски.
Мюльберская битва решила затем войну между императором и шмалькальденским союзом. Курфюрст саксонский, будучи в плену, должен был покориться императору по договору, по которому отнята была у него главная его земля и вместе с курфюршеским достоинством передана князю Морицу. Вслед за этим сдался также и Филипп Гессенский. Тогда Карл V назначил князьям и имперским сословиям сейм в Аугсбурге, на котором он надеялся установить порядок по своему желанию: за тем он значительную часть своего итальянского и испанского войска отправил к королю Фердинанду, чтобы тот мог силой привести сословия к покорности. Фердинанд с огромной военной силой двинулся в Чехию и на дороге в Нерпе был встречен чешским посольством. Фердинанд не дал ему никакого ответа, но продолжал путь далее к Литомежицам. где к нему присоединились еще войска лужицких, силезских и моравских сословий, которые скоро все отделились от чешских бунтовщиков.
Намерение короля было, — воспользоваться их положением для значительного усиления королевского могущества в Чехии, притом мирным, и осторожным образом, так чтобы не возбудить всю землю к отчаянному возмущению. Усиление королевской власти должно было быть на счет городского сословия с льготами для панства и рыцарства. С этой целью Фердинанд послал из Литомежиц извещение, обещая прощение всем лицам панского и рыцарского сословий, участвовавшим в этом восстании, которые прибудут к нему в Литомежицы и докажут, что они только по подстрекательству других старались соединиться против него. Только главные предводители и городское сословие исключены были из этого прощения.