Такое окончание религиозных раздоров в немецком государстве возбудило еще большее мужество в протестантских сословиях как в других землях Фердинанда, так особенно в Чехии. Тотчас по заключении Аугсбурского мира сословия утраквистов собрались на съезд в Краге, где отняли у Яна Мистопола должность администратора и заместили консисторию духовными лицами большей частью лютеранской партии; это и состоялось в следующих годах. В 1557 году они получили также от короля согласие на тот закон, чтобы некоторые духовные владения, которые со времени короля Сигизмунда оставались за светскими лицами, на всегда были переданы их владельцам, так что они не могли быть выкупаемы от них.
Но минутное могущество лютеранских сословий не отклонило короля Фердинанда от намерения ввести всю Чехию в союз католической церкви; когда не удалась попытка соединить унионистов с утраквистами, начал Фердинанд усиливать партию унионистов, чтобы она легко могла противодействовать возрастающим реформам ; с этим намерением он прежде всего ввел в Чехию орден Иезуитов, который был недавно основан, имел главной целью подорвать учение протестантов и трудиться на пользу возобновления и расширения подчинения папе во всех землях. Король учредил им в 1556 году коллегию св. Климента в Праге, где они открыли прежде всего философскую и теологическую школу и старались привлечь на свою сторону католическую молодежь и образованное духовенство. Пять лет спустя (в 1561 году), Фердинанд достиг права замещения архиепископства пражского, без всякого отношения к грамоте императора Сигизмунда, по которой архиепископ должен был избираться на земском сейме. На эту должность определен был Антонен Брус из Могельница, мораванин, магистр крестовой организации до тех пор бывший епископом в Вене. Вследствие отнятия архиепископских имений, Фердинанд назначил ему 6000 коп ежегодного жалованья из королевской казны и, для больших доходов, новый архиепископ и наследники его оставлены были в должности крестовых магистров. Власть архиепископа простиралась в то время только на унионистов; партия утраквистов находилась всегда под управлением своей особенной консистории. Но для того, чтобы и ее привести к покорности архиепископу, король Фердинанд вошел в переговоры с вселенским собором, происходившим в Триденте с целью исправления церкви, о дозволении принимать причащение под двумя видами, чрез что должна была уничтожиться причина до сих пор бывшего раскола.
Фердинанд между тем получил императорское достоинство, после брата своего Карла, еще при жизни отказавшегося от правления (1558). Вследствие обстоятельств в немецком государстве, войну с турками и другие дела он с 1547 года вел чаще нежели прежде, помимо Чехии, где вместо его управлял всегда другой его сын, Фердинанд. Старшему сыну Максимилиану, хотя он и носил титул чешского короля, он не доверял, так как он оказал склонность к учению протестантов, что весьма опечаливало короля. Только в последние годы, когда Максимилиан изменил свой образ мыслей, произошло соглашение между отцом и сыном, а император, время от времени начиная хворать, приказал еще при жизни своей в 1562 году короновать Максимилиана королевской короной Чехии. Во время сейма, на котором решалось это коронование, сословия утраквистов возобновили консисторию и, по примеру прежних лет, назначили администратором и чинами консистории духовных лиц лютеранского образа мыслей. Но когда по обычаю, предложили это на утверждение королю, то последний отказался и сам назначил администратора и членов консистории; когда же сословия не соглашались на это, то он требовал у них, чтобы они доказали, имеют ли они право учреждать консисторию; ибо делали это только по обычаю. Потом он отправился во Франкфурт, где его старший сын был избран в римские короли.
На другой год после этих дел император Фердинанд достиг дозволения чаши для Чехии и некоторых других земель. Цезарь, находившийся в то время в Вене, велел объявить об этом в Праге с большой торжественностью, при чем сам архиепископ Антонин, а ровно и Иезуиты у св. Климента, давали причастие под обоими видами. Но прежде, чем он успел приступить к дальнейшим действиям, для которых он нуждался в этом согласии, Фердинанд умер в Вене 25 июля 4564 г. Тело его привезено было в Прагу и погребено в склепе королей чешских, в костеле св. Вита, в пражском замке.
§ 76. Император Максимилиан II.
Фердинанд I оставил трех сыновей, из которых старший, Максимилиан II, коронованный еще при жизни отца, наследовал императорский престол и земли чешской и венгерской короны. Земли Старой Австрии Фердинанд разделил, в своем завещании, между всеми тремя сыновьями, так что Максимилиан получил нижнюю и верхнюю Австрию, эрцгерцог Фердинанд получил. Тироль, а третий, эрцгерцог Карл, Штирию.