Вскоре после вступления Максимилиана на престол, снова вспыхнула в Венгрии война с беспокойным соседом, Яном Сигизмундом Запольским, воеводой седмиградским, а вследствие этого и с турками (1566), с которыми цезарь Фердинанд только что заключил в 1562 году последний мир. По этой причине, а также и по некоторым другим обстоятельствам, Максимилиан полтора года по смерти своего отца быль вне Чехии, и во все это время землей продолжал управлять, в качестве наместника, брат его Фердинанд. Только в начале 1567 года, король в первый раз приехал в Прагу и назначил сословиям сейм, главным образом чтобы получить денежную помощь для защиты Венгрии.
Максимилиан, возросший в протестантских принципах, впоследствии отклонился от этого исповедания; поэтому пламенные надежды, которые протестанты некоторое время питали, что он, по смерти своего отца, открыто перейдет к их исповеданию не исполнились. Но слияние двух противоположных принципов породило в нем редкую в то время христианскую терпимость. На сколько это зависело от его наклонностей, он желал дать в вере свободу убеждению каждому, руководясь изречением, что тот, кто управляет людской совестью, сидит на божеском престоле. Только сила тогдашних обстоятельств налагала ему в этом неодолимые препятствия. Потому что, отчасти — бывшие в то время религиозные секты не знали этого духа терпимости, который был у Максимилиана; частью и он, как прежде отец его, зависел в заграничной политике от других католических держав, и прежде всего от папы, который каждое добровольное послабление протестантам грозил карать церковным наказанием, потом от родственного двора испанского, у которого защита исключительного господства католической церкви принадлежала к ненарушимым принципам власти.
Почти в самом начале царствования Максимилиана братья чешские представили ему просьбу о признании своего союза; но признания этого они не получили, хотя на деле их не преследовали, как прежде. На сейме 1567 года евангелические сословия, составляя большинство между утраквистами, требовали у него свободы своему вероисповеданию в том смысле, чтобы им дозволено было руководствоваться не компактатом, а словом божиим; и цезарь согласился на это, так что компактат, по которому в чешской земле признавались только два прежних вероисповедания, был исключен из земских привилегий. Когда же, после этого, сословия просили, чтобы цезарь разрешил им снова заседать в утраквистской консистории, он отказал им в этом, потому что через это старшины утраквистов должны бы были подчиняться большинству, другого исповедания.
Во время нового, долгого отсутствия Максимилиана из Чехии, евангелические сословия требовали на сейме 1571 г., чтобы цезарь дозволил им следовать аугсбургскому исповеданию, на признании которого основывался аугсбургский мир в Германии. Но Максимилиан не хотел на это согласиться, а также отказал евангелическим сословиям в открытом признании их учения, чтобы они не могли основать своей консистории, потому что королевской канцелярией в консисторию были посажены духовные старого утраквистского учения, к которому в действительности принадлежала уже только малая часть сословий. Между тем Максимилиан и католическую партию предоставил самой себе, не предпринимая ничего для её возвышения, как было начал его отец; и не дозволил архиепископу Антонину учредить в своем диоцезе синод, как это было решено на всеобщем тридентском соборе. Также и старшинам утраквистов он не дозволил ничего такого, чем бы они лучше могли приготовиться к защите нововведений против нападок своего старого учения.