Проте вже після Б. Хмельницького царський уряд усіляко обмежував повноваження гетьманів. За Переяславськими статтями 1659 р. гетьманові не дозволялося приймати послів, брати участь у воєнних походах без попереднього дозволу царського уряду. Глухівські статті 1669 р. заборонили гетьману безпосередні дипломатичні зв’язки з іноземними державами. Після переходу гетьмана Мазепи на бік Швеції у 1708 р. царський уряд істотно обмежив повноваження гетьманської влади. Було відхилено запропоновану старшиною кандидатуру на нового гетьмана П. Полуботка, і гетьманську булаву вручили І. Скоропадському.
У 1709 р. влада гетьмана була обмежена введенням посади царського резидента, який здійснював контрольні функції щодо гетьманського уряду.
У військових справах гетьман підпорядковувався командувачеві російської армії в Україні. До того ж Петро І самовладно проводив потрібні йому переміщення серед урядовців України. З 1722 по 1727 рр. замість посади резидента діяла Малоросійська колегія. Хоча офіційно її статус визначався як вищої апеляційної інстанції, колегія перебрала на себе всю повноту влади. Без узгодження з колегією гетьман не міг видавати універсали, надавати накази полковникам. Колегія контролювала надходження в її розпорядження грошових та натуральних зборів, відтепер усі податки йшли до Росії.
У період з 1734 по 1750 рр. Україна була без гетьмана. Справами України відало Правління гетьманського уряду, що складалося з рівної кількості представників вищого російського офіцерства та козацької генеральної старшини. Обрання у 1750 р. останнього гетьмана К. Розумовського було дозволено імператрицею Єлизаветою не стільки з державних, скільки з особистих міркувань: 22-літній Кирило був рідним братом морганатичного (без права престолонаслідування) чоловіка імператриці.
У 1764 р. указом Катерини ІІ гетьманство було остаточно ліквідовано. Для управління Україною знову було створено Малоросійську колегію, до якої входили по чотири представники царського уряду й української верхівки. Колегію очолив російський воєначальник граф П. Рум’янцев. Після поширення на українські землі у 1781 р. російської системи управління потреба у Малоросійській колегії відпала. У 1786 р. вона була ліквідована.
У системі управління Гетьманщиною важливу роль відігравали генеральна та старшинська ради. Генеральна рада зародилась під час національно-визвольної війни як збори козацького війська для вирішення військових справ, про що свідчить й її первинна назва: «Військова рада». В цей період вона набула ознак органу прямого народовладдя, але з тим, що це пряме народовладдя здійснював один суспільний стан - козацтво. З часом розширився склад Генеральної ради, за рахунок представників духовенства та міщан, і вона набуває певних ознак вищого представницького органу. Але вона не стала постійно діючим органом й скликалася для розв’язання найважливіших питань зовнішньої і внутрішньої політики, укладення миру.
Генеральна рада не перетворилася на орган влади й тому, що не було визначено організаційних засад її роботи, періодичності, порядку скликання. Це було зібрання великої кількості людей, в тому числі випадкових і некомпетентних. Пізніше Генеральну раду намагалися відродити гетьмани, які були прихильниками республіканського напряму розвитку України (І. Виговський, П. Дорошенко).
Функції представницького органу перебирає на себе старшинська рада. Існувало три види старшинських рад: а) рада гетьмана за участю Колегії генеральної старшини, яка мала постійний характер; б) рада генеральної та полкової старшини, яка скликалася за необхідності; в) з’їзди старшин усіх рівнів, у яких могли брати участь представники духовенства, міщан. Рада у формі з’їздів старшин за традицією запорозького козацтва збиралася по великих святах у гетьманській столиці. За відсутності гетьмана старшинська рада перетворювалася на вищий орган управління державою. Це було, наприклад, у 1672 р. після усунення від влади й арешту гетьмана Д. Многогрішного, у 1722 р. після смерті гетьмана І. Скоропадського. Старшинська рада розглядала питання внутрішньої і зовнішньої політики, фінансові, податкові справи. Рада виконувала й судові функції при розгляді справ про державні злочини. Відомо, що при гетьмані К. Розумовському на старшинській раді розглядалась кодифікація українського права «Права, за якими судиться малоросійський народ». Отже, старшинські ради гетьманської України можна вважати як вид тогочасного станового парламенту. Але в умовах посилення впливу монархічної Росії подальший розвиток елементів парламентаризму на українських землях був неможливим.