Вищим військово-адміністративним органом, генеральним урядом, за допомогою якого гетьман здійснював цивільну і військову владу була Генеральна військова канцелярія. Вона утворилася ще в роки визвольної війни і діяла до скасування гетьманства у 1764 р. Намагаючись обмежити її компетенцію, Петро І в 1720 р. вилучив із ведення генеральної канцелярії фінансові й судові справи, а в 1722 р. підпорядкував її Малоросійській колегії. Очолював Генеральну військову канцелярію генеральний писар. Вона поділялась на дві частини: колегіальну (складалась з генеральної старшини) і розпорядчу (складалась з українських та російських чиновників). Колегія генеральної старшини, як уже зазначалося, була постійною радою при гетьмані. Генеральну старшину обирала старшинська рада або призначав гетьман. Генеральні старшини очолювали окремі галузі управління. Так, генеральний обозний завідував артилерією, за відсутності гетьмана, виконував обов’язки наказного гетьмана, керував військом.
Генеральні судді (від одного до трьох, в різні часи) розглядали цивільні й кримінальні справи, були радниками гетьмана, виконували спеціальні його доручення. Генеральний підскарбій контролював фінанси країни. З 1728 р. було вже два підскарбії - один росіянин, а другий - українець. Генеральний писар завідував генеральною канцелярією, архівом, зберігав державну печатку, виконував доручення з міжнародних справ. Існувала також і нижча генеральна старшина, функції якої чітко не встановлювались. По суті вони були гетьманськими помічниками й ад’ютантами, виконували різні доручення гетьмана. Однак відомо, що в урочистих випадках генеральний хорунжий ніс військовий прапор - корогву, генеральний бунчужний - гетьманський бунчук. На генеральних осавулів, а їх було два, могло покладатись виконання дипломатичних доручень, судових розслідувань, а під час воєнних походів - навіть обов’язки наказного гетьмана.
На місцях управляли полкові та сотенні уряди, які сформувалися після визвольної війни. Територія України поділялася на своєрідні воєнно-адміністративні одиниці - полки і сотні. У другій половині XVII ст. на Правобережжі було 12 полків, а на Лівобережжі - 10. На чолі полкового уряду стояв полковник, якого обирала полкова козацька рада чи рада старшин, або ж його призначав гетьман. Полковник був вищим воєначальником полку, він же очолював виконавчу владу на території полку, здійснював судові функції, мав право роздачі землі за службу. У своїй діяльності він опирався на полкову старшину, яка обиралася на раді полку, і за функціями була схожа на генеральну (полкові: обозний, суддя, писар, осавул, хорунжий). У сукупності полковник і полкова старшина складали полковий уряд. Сотня була найнижчою адміністративною одиницею. Сотник, його заступник - отаман та сотенна старшина (писар, осавул) виконували функції сотенного уряду.
У XVIII ст. відбулися зміни в полково-сотенній системі територіального управління. Полковника призначав царський уряд, щоправда, з числа трьох обраних на раді кандидатів. Значення полкової ради помітно впало, призначений полковник користувався єдиноначальною владою. За аналогією перейшли й до призначення сотників. Замість рад організуються полкові та сотенні канцелярії, діяльність яких дедалі більше має бюрократичний характер. У 1743 р. полкові канцелярії було прирівняно до канцелярій російських губерній, а судочинство й діловодство підпорядковано російському законодавству. Дещо пізніше (1781 р.) полково-сотенний територіально-адміністративний устрій було скасовано і введено губернський поділ відповідно до російського «Уложения о губерніях».
Система управління в містах залежала від їх статусу. Великі міста користувалися магдебурзьким правом, яке надавалось або підтверджувалося гетьманськими універсалами та указами царського уряду. Але поряд з магістратами в них діяли ще й полкові чи сотенні уряди. Козацька старшина, постійно втручаючись в справи міста, звужувала сферу міського самоврядування. Значна кількість міст мала статус ратушних, тобто не користувалась магдебурзьким правом і ще більш значною мірою залежала від козацької адміністрації. У деяких містах органи самоврядування виникали й функціонували на базі специфічного українського міського права (місцевих статутів), яке істотно трансформувало норми магдебурзького права у відповідності до місцевих вимог.