Царський уряд, зважаючи на необхідність охорони південних кордонів, змушений був миритись з існуванням Січі. Перехід кошового отамана К. Гордієнка і його прибічників разом з І. Мазепою на бік Карла XII було використано Петром І як привід для ліквідації Запорозької Січі. Частина запорожців з дозволу кримського хана на півдні заснувала Олешківську Січ. В результаті січове козацтво було відірване від України-Гетьманщини. На прохання гетьмана Д. Апостола у 1734 р. імператриця Анна Іоанівна дозволила запорожцям заснувати Нову Січ. Було укладено договір між царським урядом і запорожцями на зразок гетьманських статей, за яким Січі поверталися всі землі і підтверджувалася її автономія. За несення військової служби запорожцям виплачувалось 20 тис. крб. щорічно.
У подальших російсько-турецьких війнах запорожці воювали так добре, що імператриця Катерина II осипала їх похвалами й нагородами. Але автономне існування Запорозької Січі в соціально-політичному й економічному відношенні не вписувалось у систему самодержавства. Запоріжжя, яке не знало кріпацтва і мало достатньо вільних земель, надавало притулок селянам-втікачам. Запорожці незмінно брали участь у селянських повстаннях проти панів. Керівник Коліївщини М. Залізняк був запорожцем. Чимало запорожців брали участь у гайдамацькому русі. До того ж серед самих запорожців звичайним явищем стали соціальні конфлікти між багатою старшиною і неімущою голотою. Зокрема, у 1768 р. особливо запекла сутичка змусила старшину переховуватись у сусідніх російських залогах і звернутись за допомогою у наведенні порядку до російських військ. Після завершення російсько-турецької війни 1769-1774 рр. Запорозька Січ утратила й своє військово-стратегічне значення форпосту проти турецької та кримськотатарської агресії. Повертаючись з війни, російські війська під командуванням генерала Текелія оточили й зруйнували Січ.
3 серпня 1775 р. Катерина ІІ підписала маніфест про ліквідацію Запорозької Січі. Її територію було приєднано до Новоросійської губернії. Близько половини всіх запорозьких земель було розподілено між російськими вельможами, а частину передано німецьким і сербським колоністам. Верхівка козацької старшини була репресована, а кошового П. Калнишевського заслано до Соловецького монастиря. Щодо старшини, яка не підлягала арештам, то для неї постали перспективи отримання російських службових рангів та перетворення на „запорожців-поміщиків” Близько 70 старшин стали офіцерами російської армії в званнях від прапорщика до капітана. Рядовим козакам було дозволено записатися в купці чи міщани. Частина з них отримала земельні наділи і перетворилася в державних селян.
Проте царський уряд не залишав спроб використати козацтво як військову силу у боротьбі проти Туреччини. В 1783 р. створюється полк „Вірних козаків”, на основі якого протягом року сформувалося 12-ти тисячне - ”Бузьке козацтво, згодом перейменоване в Чорноморське козацьке військо. На причорноморських землях між Бугом і Дністром та на Кінбурнський косі було утворено три козацькі паланки.
Сформоване з бувших запорожців козацьке військо брало участь у російсько-турецької війні 1787-1791 рр. Після її завершення за указом Катерини ІІ Чорноморське козацтво було переселено на землі на Кубані. Військо отримало клейноди Запорозької Січі та дозвіл на елементи козацького самоврядування й суду. До 1800 року на Кубань переселилися 20 тис., а до 1831 року ще понад 80 тис. козаків.
Частина запорожців (до 10 тис. осіб) після руйнації Січі знайшли собі притулок на турецькій території, створивши з дозволу султана Задунайську Січ поблизу гирла Дунаю. Порта визнала запорожців своїми підданими, надавши їм землі та значні пільги в оподаткуванні. За це козаки мали служити на кордонах та брати участь у походах турецьких військ. Задунайська Січ була побудована на зразок Запорозької Січі, але в дещо спрощеній формі. Вона також поділялася на 38 куренів. Вища влада належала козацькій раді, на який обиралися кошовий отаман і старшина.
Задунайська Січ, як раніше Запорозька, надавала притулок тим хто бажав стати запорожцем. Серед них було немало невдоволених новими російськими порядками кріпосних селян та нащадків козаків з України. З початком російсько-турецької війни в 1828 р. Задунайська Січ отримала наказ виступити проти Росії, але частина козаків на чолі з кошовим отаманом Й. Гладким перейшла на російську сторону. За це турки жорстоко розправилися з козаками, які ще залишалися за Дунаєм та ліквідували Задунайську Січ.
Царський уряд надав задунайцям землі між Маріуполем і Бердянськом, створивши з них Азовське козацьке військо. Пізніше їх було приєднано до Чорноморського козацького війська. Ці об’єднані козаки під назвою Кубанського козацького війська (1860-1920 рр.) найдовше зберігали залишки запорозького самоврядування та козацького звичаєвого права.
Військово-політичний устрій Запорозької Січі