Масове покозачення населення півдня України особливо виразно простежується в повстаннях 30-х років ХVIІ століття. В цей період завершується формування основ суспільно-політичної організації „козацького устрою”. На думку М. С. Грушевського козацтво в першій чверті ХVIІ ст. „стояло мов на роздоріжжі своєї соціальної еволюції, як антагоніст привілегій шляхетства, логікою соціального розвитку воно було покликане того, щоб прийняти в свій протекторат міщанство... визволити його від феодального утиску, допомогти Україні перейти з феодальної доби в добу буржуазного будівництва”.
Козаки мали окреме й своєрідне соціально-правове становище, проміжне між становищем шляхтича-поміщика і селянина-кріпака. Як і шляхтич, козак був зобов’язаний державі військовою службою. Як і селянин, козак, здебільшого, був хліборобом, бо обробляв землю власною працею. Але на відміну від шляхтича козак не мав залежних від себе кріпаків, на відміну від кріпака-селянина він був вільною людиною.
Польська держава визначала належність до цього стану виключно належністю до реєстрового козацтва - прийнятих на державну службу козаків, яких заносили до окремого списку (реєстру). Кількість їх не була значною і змінювалася залежно від зовнішніх і внутрішніх обставин.
Реєстрові козаки звільнялися від юрисдикції феодалів, старост, міських магістратів, підлягаючи виключній юрисдикції реєстрового війська. За службу вони отримували грошове жалування та низку привілеїв (право на землю, на промисли й торгівлю, звільнення від податків). У 1625 році польській уряд затвердив військово-адміністративний устрій Війська Запорозького реєстрового, створивши шість полків по тисячі козаків в кожному. Уряд неодноразово призначав на керівні посади в полки вірних польській владі людей, але реєстровці відстоюючи право на власне самоврядування, не зрідка зміщували їх і обирали власних старшин.
Під час воєн уряд Речі Посполитої в декілька разів збільшував чисельність реєстрового війська. Але відразу ж після завершення бойових дій польська влада, вбачаючи певну небезпеку для себе з боку багатотисячних формувань реєстрових козаків, значно обмежувала їх кількість. Це спричинило появу козаків - виписчиків (виписаних з реєстру). Вони мали повертатися до свого попереднього стану (селянство, міщанство), але змусити їх до цього польській адміністрації вже не вдавалося. Тому виписчики, прагнучи позбутися свого невизначеного, нелегального становища, складали опозиційну групу, завжди готову повстати проти Польщі.
1638 р. сейм вдався до надзвичайних заходів, затвердивши «Ординацію Війська Запорозького реєстрового». В ній зазначалося: «На вічні часи позбавляємо козаків старшинства, всяких старовинних судових установ, права, доходів і інших відзнак, набутих ними..., і бажаємо тих, кого в живих зберегло воєнне щастя, мати в стані простого народу, оберненого в холопів». Виборність козацької старшини була скасована. Верховне керівництво реєстровцями відтепер належало коронному гетьманові. Військова й судова влада зосереджувалася в руках комісара, якого обирав сейм із числа шляхтичів. Осавули й полковники призначалися зі шляхтичів, а сотники й отамани обиралися із числа козаків, які мали заслуги перед польськими властями. Чисельність реєстру становила 6 тис. осіб. Для придушення можливих конфліктів серед козацтва в розпорядження старшого комісара була передана особлива гвардія із польської шляхти.
Використовуючи реєстрове козацтво не лише для охорони кордонів і військових походів, а й для придушення опору народних мас, польська влада намагалась у такий спосіб розколоти українське суспільство.
За польської доби найбільшим центром українського козацтва стає район дніпровських порогів. Постійна загроза нападів татар і турків, а також з боку урядових військ змушувала козаків будувати укріплені засіками з рублених колод городки або містечка, так звані «січі». У 1550-х рр. на дніпровському острові Мала Хортиця було збудовано постійне укріплення - фортецю, як форпост боротьби проти татарської агресії. Фундатором цієї козацької твердині був канівський староста князь Д. Вишневецький, котрий, як представник аристократичного українського роду, пов’язав в одну органічну цілісність традиції української княжої держави і української козаччини. Незважаючи на короткий термін свого існування, хортицька фортеця стала прототипом козацького укріплення, яке утвердившись в 60 - 70-х роках ХVI ст. на о. Томаківка, дістало назву Запорозька Січ. На Томаківській Січі вже існував Кіш - власна військова козацька організація, зародок державності. Наступними були Січі - Базавлуцька (1593-1638), Микитинська (1638-1652), Чортомлицька (1652-1709), Кам’янська (17091711, 1730-1734), Олешківська (1711- 1728), Нова (1734-1775).